Que sont les variants?
Des erreurs surviennent dans le processus durant lequel un virus infecte des cellules et réplique son matériel génétique. Si un bon nombre de ces erreurs ou mutations génétiques ont peu d’effet, certaines peuvent être néfastes pour le virus. D’autres peuvent provoquer de petites modifications aux protéines virales et conférer aux virus de nouvelles capacités. Ces capacités peuvent notamment rendre le virus plus contagieux, plus résistant aux vaccins et aux traitements, et parfois rendre nos anticorps ou notre système immunitaire moins efficace face à ces virus modifiés. Les virus contenant des mutations génétiques sont appelés variants, et ceux présentant un avantage suspecté ou confirmé sont appelés respectivement variants d’intérêt et variants préoccupants.
Les variants continuent d’apparaître tant que le virus est capable de se propager à de nouveaux hôtes. Les vaccins entraînent notre système immunitaire à reconnaître les différentes parties du virus avant que nous ne soyons infectés. Par conséquent, si les mutations modifient les parties utilisées pour cet entraînement, les vaccins deviennent moins efficaces et doivent être actualisés. C’est pourquoi les variants doivent faire l’objet d’un suivi et analysés en permanence.
Que sont les variants?
Des erreurs surviennent dans le processus durant lequel un virus infecte des cellules et réplique son matériel génétique. Si un bon nombre de ces erreurs ou mutations génétiques ont peu d’effet, certaines peuvent être néfastes pour le virus. D’autres peuvent provoquer de petites modifications aux protéines virales et conférer aux virus de nouvelles capacités. Ces capacités peuvent notamment rendre le virus plus contagieux, plus résistant aux vaccins et aux traitements, et parfois rendre nos anticorps ou notre système immunitaire moins efficace face à ces virus modifiés. Les virus contenant des mutations génétiques sont appelés variants, et ceux présentant un avantage suspecté ou confirmé sont appelés respectivement variants d’intérêt et variants préoccupants.
Les variants continuent d’apparaître tant que le virus est capable de se propager à de nouveaux hôtes. Les vaccins entraînent notre système immunitaire à reconnaître les différentes parties du virus avant que nous ne soyons infectés. Par conséquent, si les mutations modifient les parties utilisées pour cet entraînement, les vaccins deviennent moins efficaces et doivent être actualisés. C’est pourquoi les variants doivent faire l’objet d’un suivi et analysés en permanence.
Variants préoccupants vs variants d’intérêt
Les variants préoccupants (VP) sont des mutations du virus du SRAS-CoV-2 qui sont confirmés comme étant plus contagieux, susceptibles de causer une forme plus grave de la maladie et être plus résistants aux vaccins existants que la souche originale. Le réseau CoVaRR-Net collabore avec d’autres organisations au Canada et dans le monde pour étudier les variants préoccupants et les nouveaux variants émergents.
Il n’y a actuellement qu’un seul VP en circulation au Canada : Omicron, qui est devenu le variant dominant au Canada et dans le monde. Sa lignée parentale B.1.1.529, a été signalée pour la première fois à l’OMS en Afrique du Sud à la fin de novembre 2021. Omicron comprend maintenant les lignées BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5 et les lignées descendantes. Elle comprend également des formes recombinantes circulantes telles que BQ et XBB. Actuellement, JN.1 (descendant de BA.2.86) est la lignée qui connaît la croissance la plus rapide (février 2024).
Un variant d’intérêt (VI) est un variant qui est seulement « soupçonné » d’être plus contagieux que la souche initiale, de provoquer une forme plus grave de la maladie ou d’échapper à la protection offerte par les vaccins. Un VI peut devenir un VP si des données probantes scientifiques et cliniques supplémentaires démontrent qu’il acquière l’une ou plusieurs de ces caractéristiques.
Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), les VI actuellement en circulation (à partir du 28 juin 2024) comprennent JN.1, and BA.2.86 (un descendant de XBB.1.9.2). Les VI précédemment en circulation sont Eta (B.1.525), Kappa (B.1.617.1), Iota (B.1.526), Epsilon (B.1.427/B.1.429), Zeta (P.2), Theta (P.3), Lambda (C.37) et Mu (B.1.621).
Un variant sous surveillance (VS) est un variant du SRAS-CoV-2 présentant des modifications génétiques que l’on soupçonne de présenter un risque futur. Il est important de surveiller attentivement et d’évaluer à plusieurs reprises les VS jusqu’à ce que les preuves de leur impact soient claires. Selon l’OMS, les VS actuellement en circulation (à partir du 24 septembre 2024) sont JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, JN.1.18, LB.1 et XEC.
Arbre évolutif simplifié du SRAS-CoV-2
OMS :
L’Organisation mondiale de la santé a commencé le 31 mai 2021 à donner des lettres grecques (par exemple, alpha, bêta, gamma et delta) selon l’ordre de détection des variants.
PANGO :
Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak, système de nomenclature définissant la nomenclature dynamique des lignées du SRAS-CoV-2.
Clade :
Groupe de virus génétiquement similaires issus d’un ancêtre commun.
Les variants d’intérêt précédemment en circulation comprennent Kappa : B.1.617.1, Iota : B.1.526, Epsilon : B.1.427/B.1.429, Zeta : P.2, Theta : P.3, Lambda (C.37) et Mu (B.1.621).