Biobanque et plateforme de données CoVaRR-Net

À propos de nous

Afin d’accélérer la réponse de la recherche du réseau CoVaRR-Net visant à caractériser les variants viraux, ce qui est au coeur du mandat du réseau, nous avons mis sur pied une biobanque axée sur le SRAS-CoV-2. L’objectif de la Biobanque CoVaRR-Net est de partager rapidement le matériel et l’information avec les membres du réseau partout au Canada, ainsi qu’avec des partenaires de l’industrie si nécessaire. La Plateforme de données CoVaRR-Net permet de stocker et de gérer des métadonnées associées au matériel de la biobanque.

Le contenu de la Biobanque CoVaRR-Net

Une biobanque est un dépôt de matériel biologique, tel que des spécimens prélevés sur des humains ou des animaux, et des agents pathogènes (ex. virus) et des réactifs de recherche, suivant les meilleures pratiques (ex. directives mises de l’avant par l’International Society for Biological and Environmental Repositories, ISBER).

La Biobanque CoVaRR-Net prélève, stocke et distribue rapidement des échantillons biologiques de référence bien annotés, tels que des globules blancs, du sérum, de la salive, du plasma, des virus et des réactifs de recherche. Ces spécimens sont prélevés auprès de sous-groupes pertinents pour la recherche sur la pandémie : non infectés, convalescents (c.-à-d.en voie de guérison), vaccinés non exposés, vaccinés convalescents, immunisés avec différents vaccins, etc. Il est important de noter que la biobanque s’efforce d’assurer une représentation inclusive (p. ex., sexe, âge et ethnicité) pour ce matériel de référence. On recrute activement des échantillons de personnes infectées par différents variants préoccupants pour la Biobanque CoVaRR-Net. Au fur et à mesure de la transition du réseau vers la préparation à une pandémie, cette initiative sera élargie pour inclure des échantillons d’autres virus et d’autres micro-organismes pathogènes, selon les besoins.

Une biobanque nationale unique

Le partage de matériel biologique et de données entre institutions de recherche partenaires n’est pas toujours simple et nécessite généralement plusieurs niveaux d’approbation éthique et juridique. Les processus d’obtention d’approbations de protocoles d’éthique et de contrats dûment signés peuvent parfois ralentir les efforts de recherche d’intervention rapide pendant une pandémie s’ils ne sont pas soigneusement établis à l’avance. Tout d’abord, la Biobanque CoVaRR-Net a établi l’utilisation de protocoles d’éthique de recherche approuvés, larges, provinciaux et multijuridictionnels comme un outil supplémentaire pour commencer la collecte de spécimens et de données plus rapidement en cas d’urgence. Ensuite, CoVaRR-Net utilise un accord universel de transfert de données et de matériel biologique (Universal Data and Biological Materials Transfer Agreement, UDBMTA), approuvé par plus de 26 institutions de recherche canadiennes, pour faciliter le partage rapide de réactifs et de données. Enfin, le CoVaRR-Net a délibérément choisi un modèle fédéré pour le partage des ressources et des données qui garantit que les biobanques partenaires conservent la garde du matériel et des données qu’elles recueillent et stockent, et que la vie privée est respectée grâce à un processus strict de dépersonnalisation.

À propos du catalogage et de la surveillance

Le contenu de la Biobanque CoVaRR-Net est catalogué à l’aide d’un logiciel personnalisé de gestion des renseignements de biobanque. La biobanque est conçue pour augmenter sa capacité de stockage et ses services scientifiques, selon les besoins, et elle peut donc être adaptée dans un contexte de préparation à une pandémie. Les responsables de la bioéthique ainsi que de l’équité, de la diversité, de l’inclusion et de l’indigénéité du réseau supervisent la collecte des échantillons, la dépersonnalisation et les processus liés à la biobanque.

Aider à se préparer aux futures pandémies

Le réseau CoVaRR-Net estime qu’il est essentiel de se préparer aux futures pandémies, qu’elles soient causées par des virus ou des micro-organismes, tels que des bactéries et des champignons, et il jette actuellement les bases pour se transformer en un réseau de préparation aux pandémies. La Biobanque et la plateforme de données CoVaRR-Net font partie intégrante d’un tel plan, avec une infrastructure nationale durable et prête à être utilisée en cas de menace infectieuse pour la santé de la population canadienne.

Plateforme de données CoVaRR-Net

La biobanque travaille en collaboration avec la plateforme de données CoVaRR-Net, qui permet le stockage et la gestion des métadonnées associées au matériel de la biobanque. La conception et le fonctionnement de la plateforme de données CoVaRR-Net sont guidés par les principes FAIR : Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables.

Une ressource de recherche facile d’accès

Un élément essentiel de cette initiative est la création d’un catalogue de biobanques accessibles au public qui permettra aux chercheurs et aux collaborateurs d’interroger et de partager rapidement les renseignements relatifs au matériel biologique prélevé au sein du réseau CoVaRR-Net ainsi que parmi nos partenaires de biobanques. Plus précisément, les tableaux de bord de la plateforme de données permettront aux chercheurs intéressés d’effectuer des recherches dans le catalogue et la base de données du dépôt d’échantillons à l’aide d’un ensemble de critères de recherche de base. Si un chercheur souhaite ensuite accéder à ces ressources, un processus de demande est disponible et sera simplifié pour être examiné par un comité d’examen scientifique et facilité par notre directrice de la biobanque. L’UDBMTA est également applicable au partage de ces données.

Cette infrastructure de données soutiendra également l’Alliance canadienne des biobanques et données COVID-19 récemment formée. Ce nouveau partenariat a commencé à relier plusieurs biobanques de COVID-19 au Canada qui soutiennent collectivement cette initiative nationale de partage des données et des ressources liées au matériel biologique dans une optique de préparation à une pandémie. Appuyée par la Plateforme de données CoVaRR-Net, l’alliance travaillera à l’élaboration d’un modèle de données commun et contribuera à l’harmonisation des métadonnées dans les catalogues des biobanques partenaires.

Notre équipe

Biobanque CoVaRR-Net

Angela M. Crawley

Directrice de la biobanque

Scientifique principale, Institut de recherche de l’hôpital d’Ottawa
Professeure agrégée, Université d’Ottawa
Professeure associée, Université Carleton

Don Vinh

Directeur adjoint, clinique

Professeur agrégé, Université McGill
Microbiologiste médical, Université McGill

Curtis Cooper

Directeur adjoint, clinique

Professeur de médecine, Université d’Ottawa
Scientifique à l’Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa

Plateforme de données CoVaRR-Net

Amy Hsu

Directrice de la plateforme de données

Titulaire de chaire sur la démence en soins de santé primaires, Institut de recherche sur le cerveau de l’Université d’Ottawa-Bruyère
Professeure adjointe, Université d’Ottawa

Guillaume Bourque

Guillaume Bourque

Directeur adjoint de la plateforme de données

Professeur, Département de génétique humaine, Université McGill
Chaire de recherche du Canada en génomique et médecine informatiques

Pour contacter l’équipe de la Biobanque CoVaRR-Net, veuillez nous contacter à
biobank@covarrnet.ca