Ressources de modélisation2022-09-01T14:57:41-04:00

Carnet d’analyses d’épidémiologie génomique
et de modélisation mathématique de CoVarRR-Net

À propos de notre carnet

Le réseau CoVaRR-Net a recueilli et analysé des données génomiques et épidémiologiques sur le SRAS-CoV-2 pour étudier l’évolution et la propagation du virus au Canada. Rassemblées à partir de diverses sources publiques, dont le portail canadien de données VirusSeq, les données agrégées de notre carnet constituent une source unique pour suivre la propagation des différents variants du virus dans le pays.

Nous vous invitons à utiliser les résultats de nos analyses pour stimuler la recherche, les utiliser dans des rapports, étayer des discussions avec des communicateurs scientifiques pour la diffusion publique et permettre la réutilisation du code par les autorités ou les laboratoires de santé publique pour leur usage interne.

Du début de la pandémie, au début de 2020, à l’automne 2021, les séquences virales au Canada représentaient une grande variété de lignées, qui se sont propagées à des taux similaires. En novembre 2020, le premier variant préoccupant (VP) présentant un taux de transmission nettement plus élevé a été découvert au Royaume-Uni (Alpha). À l’été 2021, les VP Alpha et Gamma étaient les lignées les plus séquencées au Canada. Lorsque le variant Delta a progressé à la fin de l’été 2021, ses sous-lignées AY.25 et AY.27 constituaient des parts considérables de cette vague. L’arrivée du variant Omicron en novembre 2021 a entraîné la plus forte augmentation du nombre de cas jamais observée au cours de la pandémie, en deux vagues, la première étant principalement due aux lignées BA.1 et BA.1.1, et la seconde à la sous-lignée BA.2, qui se propage plus rapidement.

Projections

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