Affiner la variation intra-hôte du SRAS-CoV-2 en exploitant les données de séquençage à grande échelle

Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

Il est essentiel de comprendre comment le virus du SRAS-CoV-2 évolue chez les individus au cours de l’infection pour gérer la pandémie et prévenir de futures épidémies. Dans le cadre de notre recherche, nous avons utilisé des données de séquençage accessibles au public, recueillies  à l’origine pour la surveillance génomique, afin d’étudier la manière dont le virus mute au sein des différents hôtes. Ces mutations, appelées variants nucléotidiques simples intra-hôte, sont des changements génétiques qui peuvent nous éclairer sur la manière dont le virus s’adapte.

Travailler avec des ensembles de données aussi volumineux pose le problème de la diversité des sources de données recueillies sur des périodes, dans des lieux et avec des protocoles de laboratoire différents. Pour y remédier, nous avons mis au point un cadre de contrôle de la qualité solide qui tient compte de ces facteurs et qui utilise des aspects clés des données de séquençage et des techniques de visualisation avancées telles que PHATE, afin d’identifier et d’éliminer les artefacts potentiels. Cela garantit la précision de nos résultats et nous aide à mieux comprendre comment le virus évolue au sein de l’hôte.

Ces connaissances sont essentielles pour prédire les nouveaux variants potentiels à partir des données existantes et pour atténuer les menaces virales futures, en particulier dans le contexte des défis sanitaires mondiaux actuels liés au SRAS-CoV-2 et à d’autres virus émergents.

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