Biobanque CoVaRR-Net : une ressource essentielle pour la préparation aux pandémies

La Biobanque et la Plateforme de données CoVaRR-Net ont changé la donne en permettant de partager rapidement des échantillons biologiques, des ressources et des données relatives au SRAS-CoV-2 entre les chercheurs de tout le Canada. Ces entités ont été créées pour aider à répondre à des questions importantes concernant les nouveaux variants préoccupants du SRAS-CoV-2 au cours de cette crise de santé publique prolongée et sont prêtes à se transformer pour aider à répondre aux questions concernant tout agent pathogène futur ou toute autre menace pour la santé humaine.

Les biobanques sont importantes et peuvent être extrêmement utiles en dehors des pandémies. « Les biobanques permettent aux chercheurs de réaliser des études rétrospectives afin de déterminer à quel moment un agent pathogène a été détecté pour la première fois dans la population ou quand un agent apparenté est apparu », explique la P^re Angela M. Crawley, directrice de la Biobanque CoVaRR-Net, scientifique principale à l’Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa et professeure agrégée à l’Université d’Ottawa. « Les réponses immunitaires peuvent être mesurées sur de longues périodes et, lorsqu’un nouvel agent pathogène apparaît, les échantillons peuvent être immédiatement utilisés comme contrôles négatifs ou de référence pour mettre en place de nouveaux tests de diagnostic. »

Au début de la pandémie de SRAS-CoV-2, les biobanques du Canada n’étaient pas conçues, mises en place ou connectées de manière à permettre un partage rapide d‘échantillons biologiques et de données au sein de la communauté scientifique. « La recherche se faisait dans tout le pays de manière très cloisonnée. Avant la pandémie, plusieurs des biobanques étaient des entités indépendantes créées pour héberger des échantillons en vue d’étudier des maladies, des projets et des cohortes de participants spécifiques », explique la P^re Crawley. « Elles n’ont pas été conçues pour répondre aux besoins rapides d’une épidémie ou d’une pandémie émergente. »

Cela s’est avéré être un énorme problème. Des obstacles systémiques empêchant des chercheurs canadiens de partager rapidement des échantillons et des données ont contribué à retarder la réponse nationale à la pandémie de SRAS-CoV-2. Le manque général de préparation des infrastructures de recherche a contribué à la lenteur de la réponse en ce qui a trait aux traitements disponibles, à la détection d’agents pathogènes à l’échelle de la population, aux mesures de contrôle des infections dans les établissements de soins de santé, aux mesures de santé publique dans les communautés et à la disponibilité des vaccins au niveau national. De plus, il n’existait généralement pas de procédures opérationnelles normalisées en cas de pandémie pour accélérer le partage des échantillons, de même que les contrats et les examens éthiques.

Pour combler ces lacunes, le réseau CoVaRR-Net a donné la priorité à la mise en place des caractéristiques fondamentales d’une infrastructure de biobanque et de partage de données en réseau afin de répondre à son environnement de recherche, en respectant les normes de pratique les plus élevées dans ce domaine. « La capacité de la Biobanque CoVaRR-Net à intégrer et à partager des échantillons et des données de cette manière était perturbatrice et nouvelle, ce qui est particulièrement nécessaire durant cette pandémie pour se préparer à toute menace de maladie infectieuse », déclare la P^re Crawley. « Cette capacité permet aux chercheurs universitaires de partager rapidement et efficacement leurs ressources et de transmettre en temps réel des données, des informations et des recommandations aux responsables de la santé publique afin d’améliorer la santé des Canadiens. »

La clé d’un bon plan de préparation aux pandémies

« Notre objectif est de continuer à développer l’infrastructure et les capacités de la Biobanque afin d’être prêts à faire face à la prochaine pandémie ou à la prochaine urgence sanitaire. Nous travaillons activement à faire la transition vers des biobanques pour la préparation aux pandémies en élargissant nos activités nationales d’échantillonnage, de surveillance et d’analyse à d’autres menaces microbiennes émergentes », a déclaré la P^re Crawley. « Nous renforçons également nos capacités afin de pouvoir collaborer à d’autres activités internationales de biobanques, telles que la biobanque britannique et les activités de préparation des États-Unis dans ce domaine. »

« Le Canada doit investir dans la préparation aux pandémies en apportant un soutien permanent aux initiatives de biobanques telles que la Biobanque CoVaRR-Net, qui sont essentielles, car elles permettent une surveillance microbienne rapide, efficace et productive. Nous ne voulons pas perdre ce que nous avons bâti et construire quelque chose de nouveau lorsque surviendra la prochaine crise de santé publique. Nous disposons désormais d’une ressource unique, bien placée pour offrir des réponses rapides aux grandes éclosions infectieuses et à la prochaine menace de pandémie », déclare le D^r Raphael Saginur, codirecteur de la bioéthique à la Biobanque CoVaRR-Net et président du Conseil d’éthique de la recherche du réseau de science de la santé d’Ottawa.

L’équipe de la biobanque a également établi des liens importants avec le Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées (GRSEU) du réseau CoVaRR-Net, qui cherche à aligner des indicateurs de détection virale dans des échantillons d’eaux usées à l’aide de mesures sérologiques dans des échantillons sanguins prélevés localement, en fusionnant les bases de données d’inventaire et les résultats de laboratoire associés. « La capacité d’intégrer des renseignements provenant d’indicateurs environnementaux à ceux des indicateurs biologiques peut être incroyablement utile et fait partie de la gamme d’offres que nous visons à inclure », déclare la Pre Crawley. Cela prouve qu’il est possible d’obtenir des connaissances scientifiques utiles et exploitables grâce à des biobanques et à une gestion des données intelligentes.

Une biobanque nationale unique qui accélère l’accès aux données et au matériel biologique

Pour surmonter les obstacles traditionnels et faciliter le partage rapide des échantillons biologiques, des réactifs et des données, la Biobanque CoVaRR-Net a mis au point un nouvel Accord universel de transfert de données et de matériel biologique avec l’Université d’Ottawa et l’Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa. L’accord a été approuvé par plus de 30 établissements de recherche canadiens et tous les participants à la Biobanque CoVaRR-Net sont connectés par l’intermédiaire de l’accord. « Cet accord a très bien fonctionné. Il est beaucoup plus facile de réaliser des études à grande échelle et les chercheurs qui avaient besoin de spécimens supplémentaires pour des études sur des populations vulnérables ont utilisé l’accord pour faire avancer leurs recherches », déclare le D^r Saginur.

Une initiative importante de la Biobanque CoVaRR-Net est l’Alliance canadienne de biobanques et données COVID-19, qui rassemble d’autres biobanques situées dans l’ensemble du pays, soit un total estimé à plus de 400 000 échantillons, y compris les stocks de la Biobanque CoVaRR-Net, dont la plupart comprennent des données longitudinales recueillies auprès de plus de 40 000 Canadiens. L’Alliance a pour objectif de poursuivre comme une organisation nationale de biobanques de préparation afin de soutenir la recherche sur la réaction rapide au Canada, à la fois en « temps de paix » (interpandémie) et en « temps d’urgence », lorsqu’une menace émergente pèse sur la santé humaine. L’Alliance est soutenue par l’infrastructure de données du réseau CoVaRR-Net.

« La puissance de l’Alliance est démontrée par les partenaires qui se réunissent, partagent leurs données et leurs échantillons pour collaborer à des projets de recherche » , déclare la P^re Amy Hsu, directrice de la Plateforme de données CoVaRR-Net, titulaire de la chaire en soins de santé primaires pour la démence, Institut de recherche sur le cerveau-Bruyère de l’Université d’Ottawa et professeure adjointe à l’Université d’Ottawa.

La Plateforme de données : une ressource de recherche facilement accessible reliant des biobanques partout au Canada

La Plateforme de données CoVaRR-Net prend en charge le stockage et la gestion des métadonnées associées aux échantillons détenus par la Biobanque CoVaRR-Net, ainsi que celles qui peuvent être demandées aux partenaires de la biobanque qui font partie de l’Alliance. « Le mandat de la plateforme de données est de faciliter la collecte et le partage des données par les chercheurs canadiens, ainsi que des spécimens biologiques qui ont été prélevés pendant la pandémie, et nous avons la capacité de faciliter le partage des données pour les biobanques de préparation aux pandémies », explique la P^re Hsu.

« Notre catalogue permet aux chercheurs et aux collaborateurs de faire des demandes et de partager rapidement des informations relatives au matériel biologique prélevé du réseau CoVaRR-Net, ainsi qu’entre nos partenaires des biobanques. Nous lancerons notre tableau de bord public au début de l’année prochaine, ce qui permettra aux chercheurs et aux partenaires de la santé publique d’effectuer facilement des recherches dans le catalogue et la base de données du dépôt d’échantillons et d’adapter les requêtes à leurs besoins spécifiques en matière de recherche », explique-t-elle.

En savoir plus

La Biobanque CoVaRR-Net recueille, stocke et distribue des données cliniques longitudinales et complètes, des spécimens pour l’étude des agents pathogènes et des échantillons biologiques pour les réponses de l’hôte et les études immunologiques.

Les échantillons sont recueillis auprès des populations concernées et comprennent des cellules sanguines, du plasma, du sérum, de la salive, des écouvillons nasaux, des virus, des réactifs de recherche et des eaux usées.

La biobanque permet aux chercheurs et à l’industrie d’accéder à des études de laboratoire de soutien, y compris à des analyses cellulaires et à la quantification de biomarqueurs. Son modèle est adaptable à la recherche fondamentale, aux études cliniques, ainsi qu’aux plateformes d’essais cliniques.

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