Projet de la 2e année
Chercheurs du réseau CoVaRR-Net
Rees Kassen, Université d’Ottawa, membre du Pilier 6 : Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO), et chef du projet
Doug Manuel, Université d’Ottawa, adjoint du Pilier 8 et directeur du Groupe de surveillance des eaux usées
Ioannis (Jiannis) Ragoussis, Université McGill, responsable du Pilier 5
Sally Otto, Université de la Colombie-Britannique, coresponsable du Pilier 6
Jesse Shapiro, Université McGill, coresponsable du Pilier 6
Collaborateurs
Lucas Castellani, Northern Ontario School of Medicine
Evgueni Doukhanine, DNA Genotek
Michael Fralick, Sinai Health
David Guttman, Université de Toronto
Laura Hug, Université de Waterloo
Derek MacFadden, Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa
Caroline Nott, Ottawa Hospital Research Institute
Nisha Thampi, Children’s Hospital of Eastern Ontario
Gabriel Wainer, Université Carleton
Alex Wong, Université Carleton
Résumé simplifié
Des éclosions continuent de se produire dans des lieux de travail (p. ex. épiceries, usines et restaurants) ainsi que dans des lieux de vie et d’enseignement collectifs (p. ex., établissements de soins de longue durée et écoles). En raison de la couverture vaccinale imparfaite ou incomplète et des variants préoccupants, ces éclosions continueront de se produire. Des méthodes de dépistage pragmatiques et proactives pour surveiller le fardeau des variants du SRAS-CoV-2 dans nos communautés constituent un outil essentiel pour éclairer la prise de décision des individus, des entreprises et des unités de santé publique.
L’échantillonnage environnemental de l’environnement bâti, en particulier des sols, permet d’identifier rapidement les endroits où le SRAS-CoV-2 est présent, de formuler des recommandations sur le risque et le dépistage individuels et, avec le séquençage du génome, de suivre la prévalence des variants du SRAS-CoV-2 dans le temps. L’échantillonnage de l’environnement bâti sert de complément à l’échantillonnage des eaux usées en permettant une détection plus précise et définie dans l’espace et l’élargit en augmentant la portée géographique. L’approche d’échantillonnage est rapide, facile, abordable, sûre et moins invasive que les méthodes classiques axées sur l’humain. Les échantillons peuvent également être utilisés pour détecter d’autres agents pathogènes respiratoires (p. ex., grippe, virus respiratoire syncytial (VRS) et agents pathogènes non respiratoires [y compris ceux qui ne sont pas excrétés dans l’intestin]) et conservés indéfiniment pour des analyses en aval.
Le dépistage dans l’environnement bâti a démontré son utilité pour localiser les infections dans des hôpitaux ainsi que dans des établissements de soins de longue durée. Les prochaines étapes consistent à établir qu’il peut être utilisé pour la surveillance de l’infection par la COVID-19 et l’identification de variants du SRAS-CoV-2 dans une répartition d’âges et d’échelles géographiques au sein de la communauté dans son ensemble.
Notre étude permettra de suivre le fardeau de l’infection par la COVID-19 et des variants du SRAS-CoV-2 à partir d’une large répartition géographique et d’âge des sites d’échantillonnage à l’aide d’une étude d’échantillonnage prospective menée dans six régions géographiquement distinctes, présentant chacune un ensemble unique de groupes vulnérables et de bassins versants, dans la ville d’Ottawa et ses environs. Dotée d’une zone géographique de 2 800 km2, Ottawa offre une occasion unique d’échantillonner un large éventail d’habitations humaines, allant d’environnements urbains denses à des paysages agricoles bucoliques. Cet endroit représente donc un cas de test idéal qui servira de base à une stratégie d’échantillonnage plus ambitieuse à l’échelle du pays.
Notre échantillonnage est stratifié à partir de populations clés telles que des enfants d’âge scolaire (écoles), des résidents adultes (centres communautaires/centres de transit/centres de services) et des personnes à l’état de santé vulnérable (salles d’attente de services d’urgence). Cette approche nous permet d’évaluer si :
- La prévalence du SRAS-CoV-2 provenant de sols dans un éventail de sites communautaires précède celle des eaux usées au fil du temps ou s’y apparente;
- Les répartitions de variants provenant d’échantillons de sol précèdent celles des eaux usées dans le temps ou s’y apparentent; et
- La surveillance de l’environnement bâti des principales populations vulnérables précède la détection des cas et des variants dans les eaux usées (p. ex. dans les écoles et les salles d’attente des urgences)ou s’y apparente.
Budget
Contribution en argent de 150 000 $
50 000 $ de contribution en nature pour le séquençage (Pilier 5) et la bioinformatique (Pilier 6)
14 688 $ de contribution en nature pour les trousses de prélèvement d’échantillons (DNA Genotek)