Détection de lignées de variants prévalents du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées et les séquences cliniques de villes du Québec,Canada

Pilier 5
Génomique et séquençage viraux

Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

La vague pandémique actuelle causée par le variant Omicron du SRAS-CoV-2 a dépassé les capacités de test PCR dans de nombreuses régions du monde, y compris au Canada. En conséquence, il est devenu difficile, voire impossible, de dénombrer avec précision les cas de COVID-19 dans une communauté donnée et d’identifier les nouvelles mutations ou les nouveaux variants (combinaisons de mutations) susceptibles d’évoluer et de se propager.

En l’absence d’échantillons cliniques, les eaux usées constituent un autre moyen de suivre la quantité et les types de virus dans une communauté. Lorsque les personnes sont infectées par le SRAS-CoV-2, elles l’excrètent dans leurs excréments et il peut être détecté dans les eaux usées. Dans cette étude, nous avons montré que nous sommes capables de séquencer les génomes du SRAS-CoV-2 à partir d’eaux usées et d’identifier les mutations caractéristiques de différentes lignées de variants telles qu’Alpha ou Omicron. Les eaux usées contiennent un mélange de virus excrétés par de nombreuses personnes différentes, ce qui nous permet de détecter de nombreux variants à partir d’un seul échantillon.  Nous avons constaté que les variants détectés dans les eaux usées étaient généralement similaires à ceux trouvés dans les séquences cliniques provenant d’écouvillons nasaux collectés dans la même ville et au cours de la même période. Dans le contexte actuel où les tests cliniques sont très limités, les eaux usées constituent un moyen rapide et rentable de continuer à surveiller les variants de coronavirus circulant dans la communauté.

Dans d’autres études, les chercheurs ont constaté que les eaux usées étaient un « indicateur important » des vagues de pandémie, ce qui signifie que les concentrations de coronavirus commencent à augmenter dans les eaux usées avant l’apparition d’un pic de cas cliniques. Cependant, dans notre échantillonnage de villes du Québec, nous avons constaté que les variants n’étaient généralement pas détectés dans les eaux usées avant qu’ils ne soient séquencés à partir d’échantillons cliniques. Par exemple, nous avons détecté le variant Omicron à Montréal le 4 décembre 2021, quelques jours seulement après qu’il ait été séquencé pour la première fois à partir d’un écouvillon nasal dans la province de Québec. Cela signifie que, jusqu’à présent en tout cas, les tests cliniques au Québec ont fait un excellent travail en détectant rapidement les variants. Mais comme les capacités de tests cliniques seront réduites à l’avenir, les eaux usées constituent un moyen rentable de suivre l’évolution des variants.

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