Diversité génétique intra-hôte du SRAS-CoV-2 chez les espèces animales

Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

La transmission de maladies infectieuses à différentes espèces hôtes rend l’éradication très difficile et élargit la diversité des trajectoires évolutives empruntées par l’agent pathogène. Depuis le début de la pandémie actuelle de COVID-19, le SRAS-CoV-2 a été transmis de l’humain à de nombreuses espèces animales différentes, et des variants viraux préoccupants pourraient potentiellement évoluer chez un animal non humain. La source ultime de variation génétique d’un virus est la mutation qui se produit au sein des infections individuelles. Nous quantifions ici la diversité génétique intra-hôte du SRAS-CoV-2 chez les espèces animales et montrons que les cerfs abritent une plus grande diversité que les autres animaux, ce qui constitue un plus grand réservoir de diversité génétique sur lequel la sélection naturelle peut agir. La diversité intra-hôte est particulièrement élevée dans les ganglions lymphatiques des cerfs par rapport aux échantillons nasopharyngés, ce qui suggère des différences spécifiques aux tissus dans la taille des populations virales ou dans les pressions sélectives. Ni les infections mixtes impliquant plus d’une lignée virale, ni les changements importants dans la force de la sélection naturelle ne sont susceptibles d’expliquer la plus grande diversité au sein des cerfs. Au contraire, les cerfs sont plus susceptibles de contenir des populations virales plus importantes, d’être infectés pendant des périodes plus longues ou d’être systématiquement échantillonnés à des stades plus avancés de l’infection. Associés à la transmission importante de cerf à cerf documentée dans des études antérieures, les niveaux élevés de diversité virale parmi les cerfs contribuent à expliquer l’apparente adaptation rapide du SRAS-CoV-2 aux cerfs.

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