Pilier 4
Génomique fonctionnelle et structure-fonction des variants préoccupants

Les données de séroprévalence peuvent fournir des renseignements essentiels sur l’incidence de l’infection et l’exposition aux agents pathogènes pendant les épidémies. Les études sérologiques ont permis d’affirmer qu’une réponse en anticorps est corrélée à l’élimination de l’excrétion virale, de confirmer les véritables infections et d’identifier les populations présentant un risque élevé d’infection.  Au début de la pandémie, il étaitdifficile d’obtenir une estimation du nombre réel d’infections.  Les tests de dépistage des infections actives n’étaient accessibles qu’aux personnes symptomatiques et aux groupes prioritaires, de sorte que les cas asymptomatiques et bénins qui n’ont pas été testés ont probablement contribué à la sous-estimation des niveaux réels d’infection par le SRAS-CoV-2.  Les anticorps produits en réponse à une infection peuvent durer des semaines, de sorte que les dosages sérologiques sont bien adaptés pour permettre l’estimation du taux réel d’infection dans une population.

L’objectif principal de cette étude était d’estimer la séroprévalence de l’infection par le SRAS-CoV-2 dans un contexte de faible séroprévalence, en utilisant des échantillons de sang restants de donneurs de sang canadiens prélevés entre avril 2020 et mars 2021.  Les donneurs de sang constituent une sous-population qui permet une évaluation rapide et répétée de la séroprévalence lors d’une crise de santé publique. Au moment de la publication, de nombreux dosages sérologiques étaient offerts sur le marché et à l’interne pour une sérosurveillance à haut débit. Malheureusement, il n’existait pas de dosage sérologique de référence, car les dosages existants présentaient des sensibilités et des spécificités imparfaites (les faux positifs et les faux négatifs étant plus difficiles à identifier lorsque la prévalence de la maladie est faible). Les approches précédemment utilisées avec succès pour mesurer la séroprévalence des norovirus en l’absence d’une méthode de détection de référence reposaient sur une combinaison de dosages.  Les auteurs se sont donc demandé s’ils pouvaient également combiner les dosages contre le SARS-CoV-2 existants pour améliorer la précision des mesures de séroprévalence.  Quatre dosages sérologiques ont été utilisés pour mesurer les anticorps IgG contre le SARS-CoV-2.  Deux méthodes statistiques ont été utilisées pour estimer la séroprévalence, toutes deux basées sur des combinaisons de dosages : une méthode d’analyse de culture latente (ACL) et la méthode des normes de référence composites (NRC).  La méthode ACL classe les échantillons en fonction des résultats des dosages et des informations connues sur la spécificité et la sensibilité des tests de dépistage pour prédire la probabilité d’une véritable infection.  La méthode NRC utilise des constellations de résultats de tests (par exemple, un résultat positif d’un test très spécifique, combiné à des résultats positifs de plusieurs tests sensibles, mais moins spécifiques) comme substitut à un dosage de référence. En utilisant ces approches, il a été estimé que la séroprévalence a augmenté d’environ 0,8 % en avril 2020 à environ 6,3 % en mars 2021.  Comme prévu, le fait d’être vacciné était fortement associé à la séropositivité.  Cette étude plaide en faveur de l’utilisation d’une combinaison d’approches sérologiques pour identifier la véritable séroprévalence lors des crises de santé publique, des épidémies et des pandémies, lorsqu’il n’existe pas de « référence ».

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Estimating SARS-CoV-2 seroprevalence in Canadian blood donors, April 2020 to March 2021: Improving accuracy with multiple assays. Ashleigh R. Tuite, David Fisman, Kento T. Abe, Bhavisha Rathod, Adrian Pasculescu, Karen Colwill, Anne-Claude Gingras, Qi-Long Yi, Sheila F. O’Brien, Steven J. Drews. Microbiology Spectrum.2022,02.23,02563-21; https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/spectrum.02563-21