Groupe de surveillance des eaux usées

À propos de nous

L’analyse et la surveillance des eaux usées constituent de nouveaux outils et investissements pour la pandémie de COVID-19 et les futures menaces sanitaires. Se fier uniquement aux tests PCR (prélèvements dans le nez ou la gorge pour dépister des infections actives) a des limites lorsque les laboratoires et les services de santé publique sont débordés. L’analyse des eaux usées offre une autre capacité de test qui détecte l’infection à tous les stades, y compris les cas asymptomatiques, coûte moins cher que les tests cliniques, permet une identification rapide des éclosions et des vagues, en plus d’être équitable en ce sens qu’elle inclut tout le monde et peut se concentrer sur des populations vulnérables. Le réseau CoVaRR-Net a créé un Groupe de surveillance des eaux usées en raison de l’importance de son utilisation actuelle et future, l’analyse des eaux usées devant faire partie dorénavant de notre éventail d’outils de préparation face aux pandémies. Il nous sera utile pour faire face à la pandémie de COVID-19 et, à l’avenir, il permettra de détecter des infections émergentes, des pandémies, des maladies endémiques, des médicaments, des toxines et des pesticides et constituera un outil essentiel de protection de la santé publique et d’alerte précoce. Comme il s’agit d’un outil relativement nouveau, des recherches supplémentaires sont toutefois nécessaires pour améliorer les méthodes d’analyse et évaluer son rôle de surveillance.

Pourquoi analyser les eaux usées?

L’analyse des eaux usées touche plusieurs enjeux majeurs de surveillance. De nombreuses personnes atteintes du SRAS-CoV-2, le virus à l’origine de la COVID-19, sont contagieuses avant de présenter des symptômes. Les personnes infectées par le SRAS-CoV-2, y compris les personnes sans symptômes, excrètent le virus dans leurs selles. En mesurant les niveaux de virus dans le matériel génétique des eaux usées, les responsables de la santé publique peuvent évaluer les tendances et les variations de l’infection locale par le SRAS-CoV-2 sans avoir à tester physiquement tout le monde. Dans certaines situations, les tendances mesurées des eaux usées permettent de prévoir les cas symptomatiques de COVID-19 et les hospitalisations y étant liées dans la population. La surveillance du virus dans les eaux usées constitue donc un système de surveillance précoce de la propagation du virus et de détection de nouveaux variants. Comme le souligne le Centre de collaboration nationale des maladies infectieuses, la surveillance des eaux usées couvre également de manière anonyme une majorité de la population. En raison de ses remarquables capacités, la surveillance des eaux usées est en train de devenir un élément clé de notre trousse de préparation à une pandémie.

Que fait le Groupe de surveillance des eaux usées du réseau CoVaRR-Net?

Le Groupe de surveillance des eaux usées (GSEU) du réseau CoVaRR-Net réunit des chercheurs canadiens spécialisés dans les eaux usées et l’environnement provenant d’universités de partout au Canada, de l’Agence de la santé publique du Canada et du Laboratoire national de microbiologie et de programmes provinciaux de surveillance des eaux usées. À l’échelle mondiale, le réseau CoVaRR-Net est l’un des rares réseaux à adopter une approche multidisciplinaire de surveillance environnementale en collaborant avec les piliers 5, 6, 7 et 8 du réseau.

Le GSEU utilise une approche multidisciplinaire et consensuelle pour établir les meilleures pratiques en matière d’analyse et de surveillance des eaux usées. Les membres du Groupe de surveillance des eaux usées collaborent activement avec des équipes de tout le Canada étudiant les eaux usées, ce qui représente 200 chercheurs et membres du personnel de la santé publique dans plus de 250 sites d’analyse, y compris dans le Nord canadien qui utilise les eaux usées comme outil de surveillance essentiel et est devenu un centre d’innovation.

Aider à se préparer pour les pandémies du future

Le réseau CoVaRR-Net estime qu’il est essentiel de se préparer aux futures pandémies, qu’elles soient causées par des virus ou des micro-organismes pathogènes tels que les bactéries et les champignons.

C’est pourquoi il jette actuellement les bases qui lui permettront de se transformer en un réseau de préparation à la pandémie qui favorisera les liens étroits, les collaborations et les relations avec les laboratoires de santé publique et l’industrie, car la contribution de chacun est essentielle en cas de pandémie.

Projets en cours

1. Le modèle de données ouvertes pour la surveillance de la santé publique et de l’environnement (Public Health and Environmental Surveillance Open Data Model [PHES-ODM])

PHAS-ODM est un dictionnaire et un ensemble d’outils destinés à soutenir la collecte et l’utilisation de données de surveillance des eaux usées et de l’environnement, y compris les données sur le virus SRAS-CoV-2 et ses variants. Il fournit un moyen unique et unifié d’enregistrer et de stocker des données, de sorte que les données et les métadonnées de surveillance des eaux usées puissent être comparées et agrégées entre différentes équipes de recherche et services de santé publique. Sa première version, qui comprenait plus de 150 variables classées dans 10 tableaux, a été adoptée par l’Agence de la santé publique du Canada et le ministère de l’Environnement, de la Protection de la nature et des Parcs de l’Ontario.

Le travail sur la deuxième version est presque terminé; l’Union européenne et d’autres partenaires internationaux sont prêts à stocker des données à l’aide de ce modèle une fois qu’il sera terminé. Des mises à jour et des modifications apportées à la version 2 du modèle ont été présentées par le Dr Doug Manuel, directeur du Groupe de surveillance des eaux usées, à l’Agence de la santé publique du Canada et lors de l’Assemblée publique de l’Union européenne sur les eaux usées.

Regarder la présentation à l’ASPC

Vous êtes un chercheur et vous souhaitez vous impliquer? Les détails du modèle se trouvent sur la page de l’Open Science Foundation, et la collaboration est toujours encouragée via la page GitHub du modèle.

2. La base de données sur la surveillance de la santé publique et de l’environnement (Public Health and Environmental Surveillance Database [PHESD])

PHESD est un dépôt de données utilisé pour stocker des données canadiennes et internationales sur les eaux usées et d’autres données de surveillance environnementale à l’aide du modèle de données ouvertes pour la surveillance de la santé publique et de l’environnement (Environmental Surveillance for Public Health Open Data Mode [PHESD]). Au fur et à mesure que le modèle est adopté, la base de données contiendra davantage de données qui seront maintenues ouvertes et accessibles au public. Le fait de centraliser le stockage des données de cette manière réduira le délai entre la mesure et l’analyse, et fournira davantage de données pour une meilleure modélisation, une meilleure collaboration et une plus grande efficacité.

Vous souhaitez accéder aux données ou collaborer? La base de données et les versions peuvent être trouvées sur Zenodo et des détails supplémentaires et le code sont visibles sur la page GitHub.

3. Données

Bien que certains services de santé publique canadiens disposent de tableaux de bord pour partager avec le public les données de surveillance des eaux usées, les données du Laboratoire national de microbiologie et des autorités sanitaires provinciales ne sont pas encore accessibles au public. Vous pouvez contacter ces organisations directement si vous souhaitez demander l’accès à leurs données. Le Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net s’efforce de maximiser l’accès aux données et nous sommes actuellement en mesure de fournir les données d’Ottawa et du Québec.

Cherchez-vous à rendre vos données disponibles? Le GSEU cherche toujours à augmenter la quantité de données disponibles dans la base de données. Si vous êtes passionné par les données ouvertes et la science ouverte, envoyez un courriel à l’équipe à l’adresse phesd_odm@ohri.ca pour savoir comment nous pouvons ajouter vos données à ce référentiel ouvert.

4. Collaboration internationale

Le modèle de données ouvertes sur les eaux usées, élaboré par le réseau CoVaRR-Net, a déjà été adopté par 27 pays. L’objectif est d’en faire la norme internationale de facto pour le partage de données détaillées sur les eaux usées et l’environnement entre les chercheurs et les programmes de surveillance. Les organismes internationaux qui collaborent à ce projet sont, entre autres, la Banque mondiale en Amérique latine et dans les Caraïbes, le Center for Disease Control des États-Unis, le Centre commun de recherche de l’Union européenne et Wastewater Sphere.

Regardez une série d’extraits d’entrevues prolongées (en anglais) de CTV National News du 23 février 2022, mettant en vedette les membres du Groupe de surveillance des eaux usées Robert Delatolla, Ioannis Ragoussis et Doug Manuel.

Membres

Doug Manuel

Doug Manuel

Santé publique et systèmes de santé, modélisation,
Directeur, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

Scientifique principal, Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa
Professeur éminent, Université d’Ottawa

Robert Delatolla

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net
Député du pilier Génomique et séquençage viraux

Professeur, Département de génie civil, Université d’Ottawa
Directeur associé, Institut de génie de l’environnement Ottawa-Carleton

John P. Giesy

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

Membre de la Société royale du Canada dans la Division des sciences de la terre, de l’océan et de l’atmosphère de l’Académie nationale des sciences du Canada
Ancien titulaire de la Chaire de recherche du Canada en toxicologie environnementale

Mary Jessome

Représentante de CIEDAR, Groupe de surveillance des eaux usées

Gestionnaire de recherche, pilier Mobilisation, développement et recherche autochtones (CIEDAR)

Chrystal Landgraff

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

Chercheuse scientifique, Surveillance, détection des éclosions et interventions, Division des maladies entériques, Laboratoire national de microbiologie (LNM)
Professeure adjointe, Département des sciences alimentaires, Université de Guelph

Chand Mangat

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

Chef de l’unité de surveillance des eaux usées de la Division Une seule santé de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC)

Nazeem Muhajarine

Nazeem Muhajarine

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net
Co-responsable du pilier Impacts sur la santé publique, les systèmes de santé et la politique sociale

Professeur, Université de la Saskatchewan

Ioannis Ragoussis

Ioannis Ragoussis

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net
Responsable du pilier Génomique et séquençage viraux

Professeur, Université McGill
Chef des sciences du génome, Centre de génomique de l’Université McGill

Jesse Shapiro

Jesse Shapiro

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net
Co-responsable du pilier Biologie et modélisation computationnelles

Professeur agrégé, McGill University & Genome Center

Amina Stoddart

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

Professeure adjointe, Département de génie civil et des ressources, Université Dalhousie

Peter Vanrolleghem

Membre, Groupe de surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

Professeur, Département de génie civil et de génie des eaux, Université Laval
Titulaire de la Chaire de recherche du Canada sur la modélisation de la qualité de l’eau