Pilier 3
Virologie
Contexte
Le séquençage en série du génome du SRAS-CoV-2 chez des patients immunodéprimés recevant des traitements antiviraux ou des anticorps suggère qu’une charge virale élevée chez ces hôtes permet l’émergence rapide de nouveaux variants résistants aux traitements. Par exemple, toutes les données disponibles suggèrent que le variant Omicron s’est développé chez un patient immunodéprimé.
Objectifs
Nous avons cherché à identifier les mutations du virus du SRAS-CoV-2 résultant d’une évolution intra-hôte chez des patients présentant des problèmes de santé préexistants qui compromettent l’immunité, par exemple des patients qui avaient subi des traitements contre le VIH, le cancer ou des transplantations d’organes lorsqu’ils ont été infectés par le SRAS-CoV-2.
Méthodes
Nous avons effectué une revue de la littérature afin d’identifier 44 patients immunodéprimés présentant un SRAS-CoV-2 prolongé. Nous avons ensuite récupéré toutes les séquences génétiques du SRAS-CoV-2 qui sont apparues au cours du traitement de chaque patient contre le SRAS-CoV-2. Nous avons annoté les changements d’acides aminés observés dans le génome du SRAS-CoV-2 dans les échantillons prélevés chez les patients. Ces annotations ont été calculées et modélisées pour prédire les modifications du génome du SRAS-CoV-2 susceptibles d’apparaître chez des patients immunodéprimés.
Résultats
Comme prévu, nous avons identifié plusieurs mutations dans la protéine de spicule et l’ARN polymérase ARN-dépendante virale (RdRp) probablement sélectionnées par les traitements antiviraux. De manière surprenante, parmi toutes les mutations suivies dans le génome du SRAS-CoV-2 chez les patients immunodéprimés étudiés, des mutations récurrentes ont été trouvées à une position unique dans la protéine d’enveloppe. En effet, sur les 44 patients examinés, 9 d’entre eux présentaient la substitution d’acides aminés T à I en position 30 (T30I). La protéine d’enveloppe participe à plusieurs aspects du cycle de vie du virus. Plus récemment, il a été démontré qu’elle modifie la réponse immunitaire innée de l’hôte au SRAS-CoV-2, ce qui en fait une protéine intéressante pour des études ultérieures.
Importance et questions concernant la poursuite des recherches
Nos résultats constituent une étape préliminaire dans la mise au point de traitements personnalisés contre le SRAS-CoV-2 pour les patients immunodéprimés, la capacité de prédire le risque posé par les nouveaux variants et les vaccins contre de nouveaux variants.
D’autres recherches pourraient s’appuyer sur nos résultats et contribuer à ces objectifs en étudiant les impacts fonctionnels des mutations de la protéine d’enveloppe. Par exemple, comment ces changements dans le génome du SRAS-CoV-2 affectent-ils la pathogenèse? Jouent-ils un rôle dans l’émergence de variants d’intérêt et de variants préoccupants du SRAS-CoV-2? Comment ces mutations contribuent-elles à une charge virale élevée et à des symptômes graves?