CoVaRR-Net Researchers

Jesse Shapiro, Université McGill, directeur du Pilier 5 et chef de projet

Fiona Brinkman, Université Simon Fraser, adjointe du Pilier 5
Caroline Colijn, Université Simon Fraser, adjoint du Pilier 5
Morgan Langille, Université Dalhousie, adjoint du Pilier 5
Carmen Lia Murall, associée de recherche du Pilier 5
Sally Otto, Université de la Colombie-Britannique, adjoint du Pilier 5
Jen Gommerman, Université de Toronto, directrice du Pilier 1
Ciro Piccirillo, Université McGill, adjoint du Pilier 1
Louis Flamand, Université Laval, directeur du Piler 2
Anne-Claude Gingras, Sinai Health Systems, directrice du Pilier 3
Ioannis Ragoussis, Université McGill, directeur du Pilier 4
Nazeem Muhajarine, Université de la Saskatchewan, directeur du Pilier 6
Douglas Manuel, Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa, adjoint du Pilier 6
Kimberly Huyser, Université de la Colombie-Britannique, directrice du Pilier 7

Collaborateurs

Dominique Frigon, Université McGill
Gary Van Domselaar, Agence de la santé publique du Canada
Nick Ogden, Agence de la santé publique du Canada
Lindsay Whitmore, Agence de la santé publique du Canada
Sarah Dorner, Polytechnique Montréal

Résumé simplifié

La modélisation informatique et l’analyse des données ont été essentielles à la réponse à la pandémie et continueront à jouer un rôle de premier plan dans la phase finale de la pandémie : la modélisation du nombre de cas de COVID-19 et des hospitalisations, entre autres données, permet aux autorités de santé publique et aux hôpitaux d’envisager des scénarios probables et de planifier en conséquence. L’analyse rapide des données de séquençage du génome viral – provenant à la fois d’échantillons cliniques et d’eaux usées – est également essentielle aujourd’hui pour identifier les mutations du génome viral et suivre la montée des lignées des variants.

Au cours de l’année à venir au Canada, à mesure que les gens seront complètement vaccinés et que les cas diminueront (espérons-le), la fin de la pandémie se déplacera sur trois fronts principaux : 1) la surveillance des variantes à l’échelle internationale pour évaluer les risques avant qu’ils n’arrivent au Canada; 2) l’analyse des données de séquençage des eaux usées pour repérer les éclosions avant qu’elles ne se propagent; et 3) la compréhension des mutations susceptibles de réduire l’immunité et l’efficacité des vaccins. Sur tous ces fronts, le séquençage seul ne suffit pas. Les séquences du génome viral, ainsi que les données clés telles que le moment et le lieu du séquençage, le fait qu’il s’agisse d’un individu vacciné, etc. doivent être partagées dans des bases de données, analysées à l’aide de la bio-informatique afin de mettre les données en contexte. Ces renseignements doivent ensuite être intégrés aux modèles de transmission virale et d’évasion immunitaire.

Ce projet, dirigé par le pilier 5 du réseau CovaRR-Net : Biologie et modélisation computationnelles, assume les responsabilités suivantes :

  • Créer un cadre unifié pour l’analyse des données de séquençage du génome au Canada, tout en offrant du soutien aux autres pays pour qu’ils puissent partager et analyser leurs propres données;
  • Élaborer des méthodes pour suivre les mutations et les variants par l’entremise des eaux usées et s’assurer que les données sont synthétisées et intégrées au sein de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC);
  • Identifier les mutations qui se produisent dans les gènes codant pour les épitopes (la partie du virus ciblée par le système immunitaire) et suivre leur fréquence dans le temps et l’espace (à l’échelle nationale et internationale).

Ensemble, ces activités appuieront des stratégies de gestion des pandémies qui seront aussi proactives (ou aussi rapidement réactives) que possible.

Budget total

CoVaRR-Net : Contribution en argent de 125 000 $