Fiona Brinkman
Adjointe du pilier 6, CAMEO (Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs) du réseau CoVaRR-Net
Professeure émérite de bioinformatique et de génomique, Université Simon Fraser
Robert Delatolla
Directeur du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du réseau CoVaRR et adjoint du pilier 5, Génomique et séquençage viraux
Professeur, Département de génie civil, Université d’Ottawa
Louis Flamand
Président intérimaire du Consortium canadien des laboratoires universitaires de biosécurité de niveau 3 (CCABL3) et responsable du pilier 3, Virologie
Professeur et directeur, Département de microbiologie, Faculté de médecine, Université Laval
Kimberly Huyser
Responsable, Pilier 7, Mobilisation, développement et recherche autochtones (CIEDAR) du réseau CoVaRR-Net
Professeure agrégée, Université de la Colombie-Britannique
Marc-André Langlois
Directeur général, CoVaRR-Net
Professeur de virologie moléculaire et d’immunité intrinsèque, Université d’Ottawa
Nazeem Muhajarine
Co-responsable du pilier 8, Impacts sur la santé publique, les systèmes de santé et la politique sociale, du réseau CoVaRR-Net
Professeur et épidémiologiste, Université de la Saskatchewan
Sally Otto
Co-responsable du pilier 6, CAMEO (Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs) du réseau CoVaRR-Net 6
Professeure Killam et titulaire d’une chaire de recherche du Canada de niveau 1, Université de la Colombie-Britannique
Alors que le réseau CoVaRR-Net s’apprête à achever son mandat à la fin du mois de mars 2025, plusieurs membres clés de CoVaRR-Net réfléchissent aux multiples avantages qu’un tel réseau a apportés à la recherche en santé au Canada.
« Beaucoup d’entre nous ne s’étaient jamais rencontrés auparavant. Le réseau CoVaRR-Net (Coronavirus Variants Rapid Response Network, c’est-à-dire le Réseau de réponse rapide aux variants de coronavirus) a consisté à réunir des personnes ayant des compétences différentes en matière de recherche, au cours d’une crise sanitaire nationale et mondiale, afin de résoudre un problème commun. Sally Otto, co-responsable du pilier du pilier 6, CAMEO (Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs) du réseau CoVaRR-Net, professeure Killam et titulaire d’une chaire de recherche du Canada de niveau 1 à l’Université de la Colombie-Britannique, explique : « Pour moi, ce fut un exercice riche de tirer parti des compétences de chacun et de créer une pyramide de connaissances, ce qui n’est pas possible quand on est isolé. »
La recherche sur les maladies infectieuses et les réponses conséquentes font appel à des domaines multidisciplinaires et le réseau CoVaRR-Net a ajouté une très grande synergie. Cela nous a permis d’obtenir très efficacement des contributions interdisciplinaires sur des problèmes difficiles et les problèmes difficiles nécessitent généralement des solutions multidisciplinaires », explique Fiona Brinkman, adjointe du pilier CAMEO du réseau CoVaRR-Net et professeure émérite de bioinformatique et de génomique à l‘Université Simon Fraser. « Lorsque le réseau a dû résoudre des problèmes difficiles, les relations et la confiance établies entre les personnes ont été extrêmement importantes. L’une des principales valeurs d’un réseau est qu’il encourage et facilite la recherche collaborative en matière de santé dans l’ensemble du pays. »
Les travaux novateurs des spécialistes de la recherche fondamentale des piliers 1 à 5 constituent un exemple notable de l’accélération de la recherche grâce à une synergie interdisciplinaire : « Ces scientifiques ont travaillé en étroite collaboration, et l’un des principaux avantages a été de dresser la liste des atouts collectifs du paysage de la recherche en laboratoire : qui fait du séquençage, qui étudie les réponses immunitaires en laboratoire, qui a tel u tel variant préoccupant, qui peut faire quoi rapidement, etc. », explique le Pr Marc-André Langlois, directeur général du réseau CoVaRR-Net et professeur de virologie moléculaire et d’immunité intrinsèque à l’Université d’Ottawa. « Un réseau était l’outil ultime de collaboration et d’efficacité, accélérant considérablement la recherche et les résultats, permettant aux laboratoires du Canada de ne pas réinventer la roue et d’économiser de l’argent et du temps. »
L’étendue du réseau CoVaRR-Net, qui rassemble des chercheurs en sciences fondamentales et cliniques issus de plusieurs disciplines ainsi que des experts en modélisation informatique et en politique de santé publique, a permis de générer, d’utiliser et de communiquer rapidement de nouveaux résultats de recherche sur la succession de nouveaux variants du SRAS-CoV-2 qui ont suscité des préoccupations au Canada au cours des différentes phases de la pandémie de COVID-19.
« Le réseau a permis au pilier 8, par exemple, de recueillir des données, de les analyser et de fournir des résultats de recherche et des recommandations utiles aux décideurs provinciaux et nationaux. Nous avons joué un double rôle en partageant les résultats de nos recherches avec ceux qui doivent savoir, comme les responsables de la santé publique et les décideurs, et en apprenant sur quels sujets les décideurs voulaient plus d’informations’, explique le Pr Nazeem Muhajarine, co-responsable du pilier 8, Impacts sur la santé publique, les systèmes de santé et la politique sociale, du réseau CoVaRR-Net, et professeur à l’Université de la Saskatchewan.
Collaborations créatives avec des chercheurs et des communautés autochtones
« Du point de vue de CIEDAR, l’un des plus grands avantages du réseau a été la possibilité de travailler avec tous ces scientifiques de recherche fondamentale de laboratoires expérimentaux pour essayer de voir comment nous pouvons créer des partenariats pour répondre aux besoins des Autochtones et intégrer les voix autochtones dans les programmes de recherche fondamentale », déclare Kimberly Huyser, responsable du pilier 7, Mobilisation, développement et recherche autochtones (CIEDAR) du réseau CoVaRR-Netet professeure agrégée à l’Université de Colombie-Britannique.
« Par exemple, nous avons collaboré avec les Prs Jason Kindrachuk et Angela Rasmussen, co-responsables du pilier 2, sur les moyens culturellement appropriés de travailler avec les Autochtones pour recueillir des échantillons viraux e diverses espèces animales pour leurs recherches. Nous travaillons actuellement avec le pilier 1, Immunologie et protection vaccinale, sur la grippe aviaire », explique la Pre Huyser, qui note que les principes guidant la recherche collaborative avec les communautés autochtones ont été intégrés au réseau et que 62 membres du réseau CoVaRR-Net auront reçu une formation sur les principes OCAP® (ou PCAP , pour propriété, contrôle, accès et possession) d’ici à la fin mars 2025. (Les principes PCAP définissent la manière dont les données, les informations et les connaissances culturelles des Premières Nations doivent être recueillies, consultées, utilisées et partagées.)
« Nous avons également travaillé en étroite collaboration avec l’équipe d’EDIIA (équité, diversité, inclusion et identité autochtone) du réseau CoVaRR-Net et la Pre Angela Crawley, directrice de la Biobanque de CoVaRR-Net, sur l’accord universel de transfert de données et de matériel biologique (Universal Data and Biological Materials Transfer Agreement, UDBMTA) de CoVaRR-Net, afin de garantir que si des échantillons biologiques sont recueillis, stockés et distribués par la biobanque à des fins de recherche, les chercheurs doivent respecter les principes PCAP », précise la Pre Huyser.
« CIEDAR a permis au réseau de mieux collaborer avec des chercheurs autochtones et de mener des recherches qui incluent les Autochtones. L’équipe de CIEDAR a également réussi à éduquer d’autres chercheurs en santé du réseau et à leur montrer des façons appropriées de mener des recherches en partenariat avec les peuples autochtones », ajoute le Pr Langlois.
Biobanque, eaux usées, CCABL3 et autres initiatives majeures qui ont créé de nouvelles capacités
En plus de ses dix piliers, le réseau a créé cinq initiatives majeures, dont la Biobanque et la Plateforme de données CoVaRR-Net, le Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées (GRSEU) et le Consortium canadien des laboratoires universitaires de biosécurité de niveau 3 (CCABL3), en plus de CAMEO et de CIEDAR. « Nos initiatives majeures constituent une infrastructure importante qui permet à des experts de partout au Canada de collaborer dans des domaines de recherche précis », déclare le Pr Langlois.
La Biobanque et la Plateforme de données CoVaRR-Net, par exemple, ont créé une ressource unique et essentielle pour la préparation à la pandémie en permettant un partage rapide des échantillons biologiques, des ressources et des données relatives au SRAS-CoV-2 entre des chercheurs de partout au pays. Cela a été rendu possible grâce à son nouvel accord universel de transfert de données et de matériel biologique qui relie plus de 30 établissements de recherche canadiens participants.
Le CCABL3 a réuni des experts des laboratoires universitaires de biosécurité de niveau 3 de tout le pays pour créer un centre canadien de données, de ressources et d’informations. Il facilite une meilleure collaboration pour la recherche scientifique sur les organismes hautement pathogènes et vise à renforcer la réponse du Canada aux menaces biologiques en améliorant la recherche et la préparation en matière de biosécurité.
« En 2021, nous n’avions qu’une très vague idée de qui faisait quoi au Canada en termes d’expertise, du type d’installations disponibles dans les différentes provinces et du type de travail effectué dans ces installations. Nous avons donc dû dresser une carte des ressources disponibles dans les laboratoires de biosécurité de niveau 3 du Canada », explique le Pr Louis Flamand, président intérimaire du CCABL3, responsable du pilier 3 (Virologie), et professeur et directeur du Département de microbiologie, maladies infectieuses et immunologie de la Faculté de médecine de l’Université Laval.
Les tests PCR pour le SRAS-CoV-2 ayant été réduits pendant la pandémie, la mise au point par le Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées d’outils plus avancés pour faire un suivi du SRAS-CoV-2, de la grippe et du VRS dans les eaux usées a pris de plus en plus d’importance. Le suivi des agents pathogènes dans les eaux usées et les analyses de surface permet également de détecter l’augmentation de l’incidence des maladies dans les communautés plus tôt que la notification traditionnelle des cas cliniques, ce qui constitue un système d’alerte précoce essentiel pour les menaces sanitaires de toutes sortes. « CAMEO a collaboré avec le Groupe de surveillance des eaux usées pour échanger des connaissances sur les variants viraux observés dans les eaux usées par rapport aux données de cas », explique la Pre Brinkman.
Le réseau a ouvert de nombreux nouveaux canaux permettant aux scientifiques spécialistes des eaux usées de collaborer et de partager leur expertise au sein du réseau et à l’extérieur. « Tout au long de la pandémie, le réseau CoVaRR-Net a permis aux membres de la communauté de surveillance des eaux usées de tout le pays de communiquer entre eux et, ce qui est peut-être plus important encore, de relier notre silo de recherche sur la surveillance des eaux usées à d’autres silos de recherche dans l’ensemble du pays, travaillant sur des sujets tels que l’engagement des Autochtones, les biobanques, la bioéthique, la génétique et le séquençage, et bien d’autres encore », déclare le Pr Robert Delatolla, directeur du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du réseau CoVaRR-Net, adjoint au pilier 5 Génomique et séquençage viraux, et professeur au Département de génie civil de l’Université d’Ottawa.
Duotang, un carnet d’analyses épidémiologiques génomiques et de modélisation mathématique créé par les chercheurs de CAMEO, a été un outil essentiel pour aider les chercheurs du réseau CoVaRR-Net, d’autres chercheurs en santé, l’industrie, les laboratoires de santé publique et les autorités de santé publique à se tenir au courant de l’évolution virale et de la propagation du SRAS-CoV-2 au Canada, sur une base hebdomadaire. « CAMEO excelle dans la surveillance et le suivi de l’évolution du virus au Canada et dans le monde, ainsi que dans la modélisation de différents scénarios afin d’informer les décideurs en matière de santé publique », précise le Pr Langlois.
La pluridisciplinarité a permis au réseau d’être réactif et de s’adapter rapidement aux nouveaux variants du SRAS-CoV-2 et à d’autres nouveaux agents pathogènes. Lorsque l’on a appris, au printemps dernier, qu’un variant préoccupant de l’influenza (H5N1) avait été détecté chez des vaches laitières aux États-Unis, le réseau disposait de la capacité interdisciplinaire nécessaire pour réagir rapidement. « Le Pr Jeff Joy, de CAMEO, et la Pre Rasmussen, du Pilier 2, ont rapidement travaillé avec une équipe internationale interdisciplinaire, cosignant un rapport scientifique de premier plan sur la manière dont le virus H5N1 est très probablement passé des oiseaux au bétail laitier, et sur l’importance de ce phénomène. La Pre Rasmussen, en collaboration avec d’autres, a rapidement vérifié l’approvisionnement en lait du Canada et a montré qu’il était sans danger », explique la Pre Brinkman. Les chercheurs du réseau CoVaRR-Net de plusieurs autres piliers ont participé à des recherches visant à déterminer si le H5N1 représentait également un risque élevé au Canada. « C’est un exemple de l’importance d’une réponse rapide, même lorsqu’une menace ailleurs dans le monde n’est pas présente au Canada. Cela permet aux personnes et aux industries de continuer à fonctionner plus normalement. »
Le réseau constitue un modèle de la manière dont un groupe multidisciplinaire de scientifiques et de chercheurs très productifs de partout au Canada peut travailler de manière efficace et efficiente pour générer et partager de nouvelles connaissances sur les pathogènes nouveaux et émergents avec les décideurs en matière de santé publique et l’ensemble de la population canadienne. « La plus grande réussite du réseau CoVaRR-Net est peut-être la mise en place d’un réseau fonctionnel de scientifiques canadiens de premier plan qui peuvent être rapidement mobilisés pour unir leurs efforts en réponse à une crise, qu’il s’agisse d’une nouvelle menace biologique dangereuse ou d’un variant plus virulent et transmissible du SRAS-CoV-2 qui émerge et se propage rapidement dans la population », déclare le Pr Flamand.
« Le réseau a permis de créer de nombreuses initiatives qui n’auraient pas vu le jour autrement. J’espère que certaines de nos initiatives majeures seront en mesure de poursuivre et de développer leurs capacités uniques après la fin du réseau CoVaRR-Net en obtenant leur propre financement de recherche », a conclu le Pr Langlois.