Les sols : un nouvel outil pour faire le suivi du SRAS-CoV-2 et d’autres virus

Étant donné que le dépistage de la COVID-19 par test PCR et la déclaration des cas ont diminué au Canada, les responsables de la santé publique se sont de plus en plus appuyés sur l’échantillonnage des eaux usées et les tests de séroprévalence comme outils de surveillance utiles pour suivre la propagation du SRAS-CoV-2 et prédire des éclosions dans de vastes zones géographiques, comme des communautés. Ces méthodes ne sont toutefois pas aussi utiles pour suivre le SRAS-CoV-2 à plus petite échelle, par exemple dans un hôpital, une école, un lieu de travail ou un établissement de soins de longue durée, ou dans des zones situées à l’intérieur de ces bâtiments.

L’analyse environnementale de surface est un outil de détection affiné sur le plan spatial qui complète l’échantillonnage des eaux usées pour le dépistage du SRAS-CoV-2, de la grippe et d’autres virus.

« L’analyse environnementale de surface pour le dépistage du SRAS-CoV-2, en particulier sur les sols, est un nouvel outil efficace qui permet d’identifier rapidement les endroits où le SRAS-CoV-2 est présent dans les bâtiments et de suivre sa prévalence au fil du temps », déclare le P^r Rees Kassen, directeur du projet Coronavirus dans l’environnement bâti urbain (Coronavirus in the Urban Built Environment [CUBE]) du réseau CoVaRR-Net, membre du pilier Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO) du réseau CoVaRR-Net et professeur de biologie évolutive à l’Université d’Ottawa.

« Cette méthode innovante est rapide, facile, abordable, non invasive et peut être réalisée à petite échelle pour combler le manque d’informations entre les tests individuels, les tests de séroprévalence et l’échantillonnage des eaux usées. Vous pouvez cibler votre surveillance sur des endroits spécifiques pour le SRAS-CoV-2. Nous pourrions également utiliser l’échantillonnage des sols pour identifier et suivre la présence d’autres agents pathogènes respiratoires, tels que la grippe et le virus respiratoire syncytial (VRS), qui touche les jeunes enfants, et d’agents pathogènes émergents, comme la variole simienne », ajoute le P^r Kassen.

Les sols agissent comme des éviers et sont des surfaces fiables pour les tests de l’environnement bâti

Lors d’études récentes menées dans des hôpitaux et des établissements de soins de longue durée, l’équipe de recherche de CUBE a découvert et démontré que les sols sont les surfaces les plus fiables pour prélever des échantillons et tester la présence du SRAS-CoV-2 chez les personnes qui travaillent, vivent ou reçoivent des soins dans un bâtiment ou dans des zones spécifiques de celui-ci. Lorsqu’une personne infectée par la COVID-19 respire, parle, tousse ou éternue, le virus se déplace vers l’extérieur dans les particules respiratoires, reste en suspension dans l’air pendant un certain temps et finit par tomber et se déposer sur le sol. Les échantillons prélevés sur les sols sont soumis à un test PCR et peuvent indiquer si le virus est présent dans une pièce ou un bâtiment spécifique, et en quelle quantité.

« Le sol agit comme un évier où le virus s’accumule », explique la D^re Caroline Nott, collaboratrice du projet Coronavirus dans l’environnement bâti urbain (Coronavirus in the Urban Built Environment [CUBE]) du réseau CoVaRR-Net, directrice du programme de gestion des antimicrobiens à l’Hôpital d’Ottawa et professeure adjointe à l’Université d’Ottawa. « Puisque les surfaces couramment utilisées comme les poignées de porte, les boutons d’ascenseur et les claviers d’ordinateur sont nettoyés plus fréquemment, l’échantillonnage des sols permet de mesurer la présence et la propagation du SRAS-CoV-2 de façon plus précise et plus fiable. Nous avons constaté que les signaux provenant de l’échantillonnage de la présence et de la quantité de virus sur les sols permettaient de suivre avec précision les cas et les éclosions dans les hôpitaux et les établissements de soins de longue durée, et que les échantillons des sols peuvent être un marqueur fiable des éclosions et de la charge de morbidité dans l’environnement. »

Les études de CUBE montrent également que l’échantillonnage des sols peut détecter le virus jusqu’à une semaine avant la déclaration des cas, ce qui peut contribuer à éclairer des décisions liées au contrôle des infections et potentiellement prévenir ou contenir des éclosions. « Lorsque vous constatez une augmentation de résultats positifs de tests environnementaux, cela devrait déclencher un signal d’alarme ou constituer un signe avant-coureur suggérant la mise en œuvre des mesures visant à protéger les personnes et à réduire la propagation du virus. Si vous êtes responsable d’une usine, d’un entrepôt, d’un bureau ou d’un établissement de soins de longue durée, vous voudrez être attentif et peut-être effectuer des tests individuels ciblés, par exemple », explique le P^r Kassen.

L’échantillonnage de surfaces peut fournir des résultats directement exploitables dans différents contextes. « Dans un établissement de soins de longue durée, l’échantillonnage de surface peut fournir des données permettant d’identifier une éclosion imminente, mais non détectée cliniquement, et aider à surveiller si une éclosion s’aggrave, s’améliore ou se résout. Si vous effectuez un écouvillonnage et que vous ne trouvez aucun signal positif, vous pourriez être rassuré que tout va bien et potentiellement être en mesure de garder les unités ouvertes et les personnes actives. Nous pensons que cette méthode pourrait également être très utile sur les lieux de travail et dans les écoles », déclare la D^re Nott.

Tester des échantillons de surface pour surveiller la COVID-19 chez les enfants et les adultes dans divers contextes communautaires

CUBE mène actuellement, avec l’aide financière du réseau CoVaRR-Net, une étude plus vaste et plus ambitieuse de surveillance environnementale à l’échelle de la communauté pour le SRAS-CoV-2 et ses variants dans six zones géographiquement distinctes de la région d’Ottawa. « Nous testons la fiabilité et l’efficacité de l’échantillonnage de sols pour trois populations distinctes dans différents contextes communautaires : des enfants dans les écoles primaires, des adultes en bonne santé dans des lieux de rassemblement comme des bibliothèques publiques et des personnes malades dans des salles d’attente d’unités de soins intensifs et d’urgence d’hôpitaux. L’étude d’Ottawa constitue un test idéal pour évaluer si l’échantillonnage de sols pourrait être utilisé comme un outil de surveillance virale précieux, au même titre que l’échantillonnage d’eaux usées, les tests de séroprévalence et les tests individuels ciblés, à l’échelle du pays pendant cette pandémie et dans le cadre de la préparation à de futures pandémies a», a déclaré le P^r Kassen.

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