Chercheurs du réseau CoVaRR-Net

Ioannis (Jiannis) Ragoussis, Université McGill, Pilier 4 et chef de projet

Caroline Quach-Thanh, Université de Montréal, adjointe du Pillier 4
Terry Snutch, Université de la Colombie-Britannique, adjoint du Pillier 4
Jeff Wrana, Sinai Health Systems Mt Sinai, adjoint du Pilier 4
Jesse Shapiro, Université McGill, adjoint du Pillier 5

Collaborateurs

Dominique Frigon, Université McGill
Sarah Dorner, Polytechnique Montréal
Michael Parkins, Université de Calgary
Laurence Pelletier, Sinai Health Systems
Tony Mazzuli, Sinai Health Systems
Lawrence Goodridge, Université de Guelph
Robert Delatolla, Université d’Ottawa
Brad Wouters, University Health Network
Illumina Inc.

Résumé simplifié

La pandémie de COVID-19 a mis en évidence l’importance de détecter rapidement les éclosions de COVID-19 afin d’éviter une propagation massive. La pratique consistant à prélever des échantillons de sang sur des personnes, à les analyser puis à procéder au séquençage du génome pour détecter des variants, bien que très utile, peut conduire à une sous-estimation de la proportion de la population infectée et intervient trop tard pour identifier les variants avant qu’ils ne se propagent.
Dernièrement, les progrès de la bio-ingénierie et de la génomique ont permis d’utiliser les eaux usées des stations d’épuration ou des égouts pour détecter les virus excrétés dans les matières fécales des personnes infectées. Ce type de surveillance agit comme un système d’alerte précoce et les données produites par les groupes du réseau CoVaRR-Net se sont révélées prometteuses pour la détection de variants de virus émergents. CoVaRR-Net utilise des technologies de pointe pour permettre un dépistage intensif des eaux usées en combinaison avec un dépistage systématique des signatures de variants dans tous les échantillons positifs à la COVID-19 dans une région géographiquement appariée (par exemple, la région du Grand Toronto [GTA]). Cela offre une occasion unique de déterminer si un variant précis émerge dans une zone précise de la ville.
Ce projet pilote, dirigé par le Pilier 4 du réseau CoVaRR-Net : Génomique virale et séquençage, en collaboration avec le Pilier 5 : Biologie et modélisation computationnelles, et en partenariat avec Illumina Inc, réunit des chercheurs universitaires et de santé publique à Vancouver, Toronto, Ottawa et Montréal. Il vise les objectifs suivants :

  • Compléter et améliorer les efforts provinciaux et fédéraux en matière d’alerte précoce;
  • Utiliser les données recueillies dans ces échantillons d’eaux usées pour mieux comprendre la propagation du virus et de ses variants, et savoir s’ils échappent à la protection vaccinale.

Budget total

CoVaRR-Net : Contribution en argent de 320 670 $
Illumina Inc. : Contribution en nature de 121 465 $

Illumina, Inc. fournit des réactifs de séquençage à prix réduit en tant que partenaire officiel de ce projet de recherche dirigé par le CoVaRR-Net.

« Illumina s’engage à contribuer à une approche coordonnée pour aider à mieux gérer la surveillance des maladies infectieuses et des pathogènes « , a déclaré Michael Gallad, directeur principal, Canada et Amérique latine, Illumina. » L’exploitation de notre technologie de séquençage des agents pathogènes du génome entier pour aider à développer ce type de système d’alerte précoce est essentielle pour armer les experts en santé publique d’un véritable reflet des taux d’infection communautaires, des changements viraux et de l’impact sur l’efficacité des vaccins. Nous sommes fiers de participer à l’effort de soutien des stratégies provinciales et fédérales de surveillance des pathogènes. »