Sélection pour l’évasion immunitaire dans le SARS-CoV-2 révélée par la cartographie des épitopes à haute résolution combinée à l’analyse de la séquence du génome

Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

Il est essentiel de comprendre comment le système immunitaire réagit au SRAS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19, pour mettre au point de meilleurs diagnostics, traitements et vaccins. Cette étude se concentre sur l’identification des parties spécifiques du virus (épitopes) qui sont reconnues par le système immunitaire et sur la manière dont les mutations du virus affectent cette reconnaissance.

Les chercheurs ont utilisé un réseau peptidique à haute densité , qui comprend de minuscules morceaux de toutes les protéines du SRAS-CoV-2 et d’autres coronavirus courants, pour identifier les parties de ces protéines qui sont reconnues par les anticorps dans le sang des personnes qui ont eu la COVID-19 ou qui étaient asymptomatiques. Ils ont comparé ces réponses à celles de personnes qui n’avaient pas été infectées par la COVID-19.

L’équipe a également utilisé un cadre informatique pour analyser ces réponses immunitaires en détail et étudier l’évolution de ces segments de protéines virales (épitopes). Les chercheurs ont examiné un vaste ensemble de données publiques comprenant plus de 38 000 génomes viraux pour voir comment ces épitopes évoluaient dans le temps et selon les différents variants du SRAS-CoV-2.

Principaux résultats

• Identification de l’épitope : L’étude a permis d’identifier plusieurs épitopes de lymphocytes B, c’est-à-dire des parties spécifiques du virus reconnues par les anticorps. Certains de ces épitopes étaient communs à différents coronavirus, tandis que d’autres étaient propres à des types spécifiques.
• Épitopes à réactivité croisée : Les chercheurs ont découvert certains épitopes susceptibles de déclencher une réponse immunitaire contre plusieurs coronavirus, ce qui pourrait renforcer la réponse immunitaire globale au SRAS-CoV-2.
• Analyse de l’évolution : En examinant les génomes viraux, l’étude a montré comment les différents épitopes ont évolué au fil du temps. Les chercheurs ont constaté que les mutations des protéines du spicule et de la nucléocapside étaient soumises à une pression de sélection plus forte entre différents hôtes (lorsque le virus se propage d’une personne à l’autre) qu’au sein d’un même hôte (lorsque le virus se réplique à l’intérieur d’une seule personne). Cela suggère que la pression exercée par le virus pour échapper au système immunitaire s’exerce principalement lors de la transmission entre individus.

Conclusion

Cette étude met en évidence la nature dynamique du virus SARS-CoV-2 et sa capacité à évoluer en réponse aux pressions immunitaires. Ces résultats soulignent l’importance de la surveillance des mutations virales pour la mise au point de vaccins et de traitements efficaces. La découverte d’épitopes à réaction croisée ouvre également la voie à des vaccins potentiels à large spectre qui pourraient immuniser contre plusieurs coronavirus.

Principaux enseignements

• Amélioration des diagnostics et des vaccins : L’identification de segments viraux spécifiques qui déclenchent des réponses immunitaires permet de créer de meilleurs outils de diagnostic et des vaccins plus efficaces.
• Évolution virale : Le virus a tendance à muter davantage lors de la transmission entre personnes, ce qui lui permet d’échapper au système immunitaire.
• Réactions immunitaires croisées : Certaines réponses immunitaires peuvent cibler plusieurs coronavirus, ce qui pourrait être utile pour développer des vaccins à large spectre.

Cette recherche nous permet de mieux comprendre comment le SARS-CoV-2 interagit avec le système immunitaire et fournit des indications précieuses pour les futures stratégies de santé publique contre la COVID-19 et d’autres coronavirus.

Lire l’article