SMDP : Profileur de distribution des mutations du SARS-CoV-2 pour une estimation rapide de l’historique des mutations de lignées inhabituelles

Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

Le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19 évolue généralement à un rythme régulier au fil du temps. Cependant, il arrive que certaines versions du virus (appelées lignées) développent beaucoup plus de mutations que ce à quoi on pourrait s’attendre compte tenu du temps depuis lequel le virus est apparu. Cela peut se produire pour plusieurs raisons, notamment les pressions de sélection imposées par l’évolution au cours d’une infection chronique chez une personne infectée depuis longtemps ou l’exposition à des médicaments induisant des mutations comme le molnupiravir.

Pour mieux comprendre ces mutations, les chercheurs de l’équipe du pilier Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO) du réseau CoVaRR-Net ont créé un outil en ligne gratuit appelé « SARS-CoV-2 Mutation Distribution Profiler (SMDP) », c’est-à-dire un profileur de distribution des mutations du SARS-CoV-2.  Cet outil compare une liste de mutations définissant la lignée soumise par l’utilisateur avec des distributions de mutations établies :

• Mutations observées au cours des neuf premiers mois de la pandémie (pré-VP) (distribution mondiale pré-VP)
• Mutations observées pendant l’ère Omicron (distribution mondiale d’Omicron)
• Mutations observées dans les infections chroniques (distribution chronique)
• Mutations observées lors de la transmission de zoonoses de l’homme au cerf de Virginie (distribution aux cerfs)

De plus, l’application informera l’utilisateur si le modèle de mutation est :

• Cohérent avec l’utilisation du molnupiravir (à l’aide de l’examen du rapport transition : transversion qui peut changer les acides aminés sous-jacents).
• Une lignée mutante (contient une mutation dans la protéine non structurale/exonucléase dont on sait qu’elle augmente le taux de mutation de la lignée)

Cet outil sera utile aux responsables de la santé publique et aux chercheurs, car il leur permettra d’obtenir un aperçu de l’évolution des différents variants du SRAS-CoV-2. Cela peut contribuer à l’évaluation des risques et à l’élaboration de stratégies de santé publique.

Dans l’ensemble, la compréhension de l’histoire récente d’un virus, en particulier d’un virus génétiquement inhabituel, peut nous aider à réduire les risques futurs tels que l’identification et l’élimination des infections chroniques au niveau mondial, la réduction des risques de traitements mutagènes et la minimisation des risques de contagion. Cette application vise à faciliter rapidement l’interprétation des lignées inhabituelles du SARS-CoV-2 nouvellement apparues en quantifiant la similitude avec les signaux laissés par les pressions de sélection et de mutation passées.

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