Projet de la 2e année

Chercheurs du réseau CoVaRR-Net

Ioannis (Jiannis) Ragoussis, Université McGill, coresponsable du Pilier 5 : Génomique virale et séquençage, et chef de projet

Guillaume Bourque, Université McGill, directeur associé de la plateforme de données CoVaRR-Net
Robert Delatolla, Université d’Ottawa, adjoint du Pilier 5, membre du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées
Louis Flamand, Université Laval, responsable du Pilier 3
Jen Gommerman, Université de Toronto, coresponsable du Pilier 1
Ciro Piccirillo, Université McGill, coresponsable du Pilier 1
Caroline Quach, Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine, adjointe du Pilier 5
Jesse Shapiro, Université McGill, coresponsable du Pilier 6
Terry Snutch, Université de la Colombie-Britannique, adjoint du Pilier 5
Jeff Wrana, Hôpital Mount Sinai, adjoint du Pilier 5

Collaborateurs

Dominic Frigon, Université McGill
Lawrence Goodridge, Université de Guelph
Casey Hubert, Université de Calgary
Tony Mazzulli, Hôpital Mount Sinai
Michael Parkins, Université de Calgary
Laurence Pelletier, Hôpital Mount Sinai
Brad Wouters, University Health Network
Ryan Ziels, Université de la Colombie-Britannique
Illumina Inc.

Résumé simplifié

La pandémie de COVID-19 a mis en évidence l’importance de détecter rapidement les éclosions de COVID-19 afin d’éviter une propagation massive. Notre travail de production et d’analyse de données de génomique virale et de séquençage à partir d’eaux usées et d’échantillons cliniques soutient et améliore la surveillance de la santé publique et la détection précoce des variants de virus émergents.

Au cours de la première année, l’utilisation des données de séquençage du génome du SRAS-CoV-2 provenant d’échantillons d’eaux usées s’est révélée une grande réussite. Nous avons montré aux gouvernements locaux et fédéraux la faisabilité et l’utilité de la surveillance des eaux usées en tant qu’approche complémentaire pour fournir un portrait précoce et détaillé de la prévalence des variants dans la population. La combinaison des données obtenues « en surface » par le dépistage rapide et systématique de toute la population positive à la COVID-19, et des données obtenues « sous terre » par la surveillance des eaux usées, constitue un modèle canadien unique pour la surveillance de cette pandémie et des pandémies futures.

Pour la deuxième année, nous avons identifié ces domaines prioritaires pour soutenir et améliorer la surveillance de la santé publique. Nous proposons une combinaison de 1) dépistage pour permettre la détection précoce de variants préoccupants, 2) examen de l’évolution et de l’adaptation des variants, et 3) évaluation de l’impact des mutations virales sur les réponses immunitaires de l’hôte. Plus précisément, nous visons à :

  • Continuer à produire des données de séquençage du génome du SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons d’eaux usées et d’échantillons cliniques géographiquement appariés à Toronto, Vancouver, Montréal, Laval et Québec. Ce travail contribuera aux efforts de surveillance de la santé publique en fournissant des renseignements sur la prévalence de la maladie, l’émergence de nouveaux variants, l’identification des régions/municipalités menacées et l’impact des mesures de santé publique.
  • Combiner et intégrer les données provenant du dépistage « en surface » des populations positives à la COVID-19 avec la surveillance « sous terre » des eaux usées de l’ensemble de la population échantillonnée afin de mettre en œuvre une stratégie proactive d’alerte précoce permettant de prédire et de suivre la propagation de futurs variants. Ces résultats peuvent être utilisés pour des interventions de santé publique fondées sur des preuves liées à la trajectoire de la maladie et pour des stratégies de confinement fondées sur la précision, telles que le suivi et le repérage et les efforts de vaccination géographiquement ciblés.
  • Mettre au point et valider des tests à haute sensibilité pour détecter des variations génomiques de variants préoccupants chez des patients, dans la population et dans les eaux usées.
  • Fournir un soutien en génomique et en technologie de séquençage pour les études des Piliers 1 et 3 sur les réponses immunitaires prédictives et l’évolution du virus, ainsi que pour d’autres piliers, selon les besoins.
  • Collaborer avec le Pilier 6 pour détecter les variants émergents du SRAS-CoV-2 dans la population canadienne en séquençant des échantillons cliniques et des échantillons d’eaux usées.
  • Travailler en étroite collaboration avec le Pilier 6 sur l’élaboration d’outils d’analyse des données et le partage des données par le biais du portail de données VirusSeq et du portail national de données.
  • Collaborer avec le projet CUBE et effectuer le séquençage du génome du virus à partir d’acides nucléiques isolés de surfaces.

Nos travaux complètent et améliorent les efforts de surveillance de la santé publique pour la détection précoce et le suivi de variants préoccupants émergents et futurs. Les résultats peuvent être utilisés pour des interventions de santé publique fondées sur des données probantes et des stratégies d’intervention rapide de confinement.

Budget 

CoVaRR-Net : Contribution en argent de 625 000 $
Illumina Inc. : 84 538 $ de contribution en nature

Illumina, Inc. fournit des réactifs de séquençage à prix réduit en tant que partenaire officiel de ce projet de recherche dirigé par le CoVaRR-Net.

« Illumina s’engage à contribuer à une approche coordonnée pour aider à mieux gérer la surveillance des maladies infectieuses et des pathogènes « , a déclaré Michael Gallad, directeur principal, Canada et Amérique latine, Illumina. » L’exploitation de notre technologie de séquençage des agents pathogènes du génome entier pour aider à développer ce type de système d’alerte précoce est essentielle pour armer les experts en santé publique d’un véritable reflet des taux d’infection communautaires, des changements viraux et de l’impact sur l’efficacité des vaccins. Nous sommes fiers de participer à l’effort de soutien des stratégies provinciales et fédérales de surveillance des pathogènes. »