Projet de la 2e année

Chercheurs du réseau CoVaRR-Net

Sally Otto, Université de la Colombie-Britannique, coresponsable du Pilier 6 : Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO) et coresponsable du projet
Jesse Shapiro, Université McGill, coresponsable du Pilier 6 : Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO) et coresponsable du projet

Fiona Brinkman, Université Simon Fraser, adjointe du Pilier 6
Caroline Colijn, Université Simon Fraser, adjointe du Pilier 6
Jörg Fritz, Université McGill, adjoint du Pilier 6
Paul Gordon, Université de Calgary, membre du Pilier 6
William Hsiao, Université Simon Fraser, membre du Pilier 6
Julie Hussin, Université de Montréal, membre du Pilier 6
Jeffrey Joy, Université de la Colombie-Britannique, membre du Pilier 6
Rees Kassen, Université d’Ottawa, membre du Pilier 6
Morgan Langille, Université Dalhousie, adjointe du Pilier 6
Douglas Manuel, Institut de recherche de l’Hôpital d’Ottawa, adjoint du Pilier 8
Samira Mubareka, Sunnybrook Health Sciences Centre, adjointe du Pilier 2
Carmen Lia Murall, Agence de la santé publique du Canada, membre du Pilier 6
Ciro Piccirillo, Université McGill, coresponsable du Pilier 1
Art Poon, Université Western, membre du Pilier 6
Angela Rasmussen, Université de la Saskatchewan, responsable du Pilier 2
Ioannis Ragoussis, Université McGill, responsable du Pilier 5
Selena Sagan, Université McGill, adjointe du Pilier 2

Résumé simplifié

Au cours des deux dernières années de la pandémie, le virus SRAS-CoV-2 s’est propagé dans le monde entier, causant plus de 500 millions d’infections documentées. Lors de chacune de ces infections, le virus réplique les 30 000 nucléotides (A, U, C et G) qui constituent son génome, des erreurs aléatoires (mutations) s’accumulant environ une fois toutes les deux semaines. Si la plupart de ces mutations n’ont que peu ou pas d’effet sur le virus, certaines peuvent entraîner une transmission plus rapide ou une évasion de notre réponse immunitaire. Les variants préoccupants (VP, nommés Alpha à Omicron) présentent plusieurs de ces mutations. Nous effectuons régulièrement un suivi des VP au Canada, nous analysons les données internationales de séquençage viral et nous sommes à l’affût des augmentations de mutations préoccupantes, en accordant une attention particulière aux mutations qui se produisent dans des parties du virus ciblées par notre système immunitaire. À l’aide de modèles mathématiques, nous pouvons identifier les variants qui semblent avoir un avantage de croissance par rapport aux autres. Nous avons créé un carnet pour partager ces résultats publiquement avec d’autres piliers du CoVaRR-Net et avec les laboratoires de santé publique qui peuvent ensuite assurer un suivi avec des enquêtes plus détaillées.

Au cours de la deuxième année, nous poursuivrons toutes ces activités de surveillance génomique, en mettant l’accent sur le séquençage viral des eaux usées et de l’environnement, qui deviendra de plus en plus important à mesure que le séquençage à partir de prélèvements nasaux deviendra moins courant. Les séquences provenant d’animaux seront importantes, car elles constitueront des réservoirs dans lesquels le virus pourra amorcer de nouvelles mutations et se propager ensuite potentiellement aux humains. Dans le but continuer à servir de source fiable de renseignements sur les changements évolutifs du SRAS-CoV-2 pour la communauté scientifique, les gouvernements et les responsables de la santé publique, nous avons identifié les projets prioritaires suivants :

  • Identifier et évaluer les nouveaux variants à l’échelle nationale et internationale, en évaluant les taux de propagation, les caractéristiques d’évasion immunitaire et la pathogénicité, afin d’alerter le réseau CoVaRR-Net et les responsables de la santé publique au sujet de variants potentiellement préoccupants.
  • Élaborer de nouvelles méthodes de suivi du SRAS-CoV-2 à partir des données sur les eaux usées et déduire les mutations et les variants à partir d’échantillons d’eaux usées dans tout le Canada.
  • Identifier et surveiller les mutations associées à l’échappement immunitaire, ce qui permettra de mieux comprendre l’immunité au SRAS-CoV-2 et aux coronavirus connexes.
  • Suivre les changements évolutifs dans les réservoirs animaux et identifier les transitions entre les humains et les animaux.
  • Accroître les efforts pour intégrer les données de séquençage provenant d’échantillons cliniques et d’eaux usées dans tout le Canada.

Toutes ces activités supposent une collaboration avec d’autres piliers du réseau CoVaRR-Net et la communication régulière des renseignements les plus pertinents aux responsables gouvernementaux et de la santé publique, dans le but d’identifier, de suivre et de comprendre rapidement l’impact des nouveaux variants du SRAS-CoV-2 à mesure qu’ils évoluent.

Budget

Contribution en argent de 625 000 $