Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

Comme les autres coronavirus, le SRAS-CoV-2 peut infecter un large éventail d’animaux. Depuis le début de la pandémie, plusieurs cas d’infection d’animaux par des humains (y compris des animaux de compagnie comme des chiens et des chats, et des animaux sauvages comme des cerfs) ont été signalés, ainsi qu’un nombre plus restreint de transmissions dans l’autre sens, des animaux vers les humains. La transmission entre espèces non humaines présente un risque considérable pour l’établissement de réservoirs de SRAS-CoV-2, rend l’éradication difficile et offre au virus des possibilités de nouvelles trajectoires évolutives, notamment la sélection de mutations adaptatives et l’émergence de nouveaux variants préoccupants. Nous utilisons ici des séquences génomiques virales accessibles au public pour étudier systématiquement la transmission du SRAS-CoV-2 entre des chats, des chiens, des cerfs, des visons et des humains, et pour identifier les mutations associées à chaque espèce, qui pourraient contribuer à adapter le virus à ces différents hôtes. Comme dans les rapports précédents, nous avons estimé pour chaque espèce animale plusieurs cas de transmission de l’humain à l’animal, mais un nombre relativement plus faible de transmissions de l’animal à l’humain, effectivement indétectables du chien, du chat et du cerf à l’humain, mais plus élevé chez le vison, pour lequel nous avons estimé au moins 12 événements de transmission distincts. Grâce aux efforts continus d’échantillonnage d’un plus grand nombre de séquences virales provenant de l’humain, ces estimations sont susceptibles d’augmenter. Nous avons également identifié trois mutations virales qui tendent à se retrouver principalement chez le vison, mais rarement chez l’humain. Ces mutations affectent toutes la séquence de différentes protéines codées par le virus et pourraient jouer un rôle dans l’adaptation du virus à l’infection du vison. Bien que des études antérieures aient également identifié plusieurs mutations associées aux visons, y compris celles que nous rapportons ici, nous ne fournissons un important soutien statistique que pour ces trois-là. Enfin, nous avons identifié 26 mutations associées au cerf, mais rarement observées dans les génomes viraux échantillonnés chez l’humain. Nous supposons qu’un nombre aussi élevé de mutations associées au cerf pourrait être dû à des taux élevés de transmission entre cerfs. Ces mutations sont candidates à une étude expérimentale plus approfondie afin de déterminer si elles permettent au virus de s’adapter à différentes espèces animales et de quelle manière.

Sana Naderi, Peter Chen, Carmen Lia Murall, Raphael Poujol, Susanne Kraemer, Bradley Pickering, Selena Sagan, Jesse Shapiro. Zooanthroponotic transmission of SARS-CoV-2 and host-specific viral mutations revealed by genome-wide phylogenetic analysis. eLife. 2023.04.04. 83865; https://elifesciences.org/articles/83685.