Un petit nombre d’introductions précoces a entraîné une transmission généralisée du SRAS-CoV-2 au Québec, Canada

Pilier 6
Analyse computationnelle, modélisation et résultats évolutifs (CAMEO)

Le Québec a été la province canadienne la plus touchée par la COVID-19, avec 401 462 cas au 24 septembre 2021 et 11 347 décès dus principalement à une première vague pandémique très intense. En avril 2020, nous avons réuni le consortium de séquençage du coronavirus au Québec, le CoVSeQ, pour séquencer les génomes du SRAS-CoV-2 au Québec afin de suivre les événements d’introduction virale et la transmission au sein de la province. En utilisant l’épidémiologie génomique, nous avons étudié l’arrivée du SRAS-CoV-2 au Québec. Nous rapportons 2 921 génomes de haute qualité du SRAS-CoV-2 dans le contexte de plus de 12 000 génomes accessibles au public et échantillonnés à l’échelle mondiale au cours de la première vague pandémique (jusqu’au 1^er juin 2020). En combinant des analyses phylogénétiques et phylodynamiques avec des données épidémiologiques, nous quantifions le nombre d’événements d’introduction au Québec, identifions leurs origines et caractérisons la propagation spatio-temporelle du virus. De manière conservatrice, nous avons estimé à environ 600 le nombre d’introductions indépendantes, la majorité d’entre elles ayant eu lieu entre la semaine de relâche et deux semaines après la fermeture de la frontière canadienne pour les voyages non essentiels. Les rapatriements massifs qui ont suivi n’ont pas généré de grandes lignées de transmission (> 50 cas séquencés), probablement en raison des mesures de quarantaine obligatoires en vigueur à l’époque. Conformément aux destinations courantes de la semaine de relâche et des « snowbirds », on a supposé que la plupart des introductions provenaient d’Europe via les Amériques. Une fois introduite au Québec, la taille des lignées virales était trop dispersée, quelques lignées étant à l’origine de la plupart des infections. Conformément aux effets fondateurs, les lignées les plus précoces ont eu tendance à se propager avec le plus de succès. Moins de 100 introductions virales sont arrivées pendant la semaine de relâche, dont sept à douze ont conduit aux plus grandes lignées de transmission de la première vague (représentant 52 à 75 % de toutes les infections séquencées). Ces lignes de transmission réussies ont été disséminées dans toute la province. La taille de la lignée de transmission a été considérablement réduite après le 11 mars, date à laquelle une ordonnance de quarantaine a été décrétée pour les voyageurs rentrant au pays. Bien que cela témoigne de l’efficacité des mesures de santé publique prises à un stade précoce, les plus grandes lignées de transmission avaient déjà été déclenchées avant l’adoption de cette ordonnance. L’ensemble de nos résultats montre qu’en l’absence de restrictions strictes aux voyages ou de mesures de quarantaine, moins de 100 introductions virales en une semaine peuvent permettre l’établissement de chaînes de transmission étendues.

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