Un système de codes barres génétiques multi-règnes pour l’isolement précis de clones cibles

Pilier 4
Génomique fonctionnelle et structure-fonction des variants préoccupants

L’hétérogénéité clonale sous-tend divers processus biologiques, notamment l’infection virale, la progression du cancer, la différenciation cellulaire et l’évolution microbienne. Dans le concept de marquage des cellules, des codes barres ADN uniques sont introduits dans des cellules individuelles. Les cellules à code barres peuvent être soumises à un essai donné (comme l’essai d’infection virale) pour vérifier s’il existe des clones spécifiques à privilégier pour un incident biologique donné (comme l’infection virale). Toutefois, il reste difficile d’isoler un clone cible d’une population cellulaire complexe avant qu’il ne présente un résultat spécifique. Si une telle technologie existe, nous pouvons interroger les états cellulaires et moléculaires qui empêchent ou accélèrent l’entrée des cellules dans un état spécifique. Grâce à la technologie d’édition du génome CRISPR-Cas9, nous avons mis au point un nouveau système semblable à une machine à remonter le temps, CloneSelect. Dans CloneSelect, les cellules sont d’abord dotées d’un code barres et propagées de manière à ce que leur sous-population puisse être soumise à une expérience donnée. Un clone qui présente un phénotype ou un génotype intéressant à un moment donné peut alors être isolé à partir des pools de cellules initiaux ou ultérieurs conservés pendant toute la durée de l’expérience. Cette nouvelle plateforme offre de nombreux moyens d’analyser l’infection virale, le cancer, la différenciation cellulaire et le développement chez l’homme et dans d’autres systèmes mammifères, ainsi que divers mécanismes dans les systèmes de levure et de bactéries.

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