Utilisation du séquençage du génome entier pour identifier les mutations de faible fréquence chez les patients atteints du SRAS-COV-2 traités par le remdésivir

Le remdésivir (RDV) a permis de réduire le nombre d’hospitalisations et la mortalité chez les patients atteints de la COVID-19. Les mutations de résistance causées par le RDV sont rares et, lorsqu’elles ont été identifiées, elles l’ont été principalement chez des patients sous traitement prolongé et immunodéprimés. De la résistance peut se développer en cas de traitement sous-optimal avec le médicament. Nous avons donc étudié les effets d’un traitement de courte durée par RDV sur les mutations de résistance aux médicaments de faible fréquence chez des patients atteints de COVID-19 modérément malades et hospitalisés, et nous les avons comparés à des patients sans traitement par RDV. Des mutations de nsp12 résistantes aux médicaments n’ont pas été identifiées pendant des traitements courts par RDV. Nous n’avons pas détecté de différences significatives dans la diversité intra-hôte et la sélection positive entre les groupes traités et non traités par le RDV. Une variabilité intra-hôte minimale et des variants de faible fréquence ont été détectés chez les patients modérément malades, ce qui suggère une faible pression sélective chez les patients recevant des traitements courts de RDV. La barrière de résistance au RDV est élevée chez les patients atteints d’une forme modérée de la maladie. Une surveillance continue est nécessaire pour s’assurer que la fréquence des mutations du SARS-CoV-2 qui confèrent une résistance au RDV reste faible.

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