La vague pandémique actuelle causée par le variant Omicron du SRAS-CoV-2 a submergé la capacité de dépistage par tests PCR dans de nombreuses régions du monde, y compris au Canada. Par conséquent, il est devenu difficile, voire impossible, de dénombrer avec précision les cas de COVID-19 dans une communauté donnée et aussi d’identifier les nouvelles mutations ou les nouveaux variants (combinaisons de mutations) qui pourraient évoluer et se propager.
En l’absence d’échantillons cliniques, les eaux usées constituent un autre moyen d’effectuer un suivi de la quantité et des types de virus dans une communauté. Lorsqu’une personne est infectée par le SRAS-CoV-2, elle l’excrète dans ses selles et le virus peut être détecté dans les eaux usées. Dans le cadre de cette étude, nous avons montré que nous sommes capables de séquencer les génomes du SRAS-CoV-2 à partir des eaux usées et d’identifier les mutations caractéristiques des différentes lignées de variants telles qu’Alpha ou Omicron. Les eaux usées contiennent un mélange de virus excrétés par de nombreuses personnes différentes, ce qui nous permet de détecter de nombreux variants différents à partir d’un seul échantillon. Nous avons constaté que les variants trouvés dans les eaux usées étaient généralement similaires à ceux trouvés dans les séquences cliniques provenant d’écouvillons nasaux collectés dans la même ville et à la même période. Dans le contexte actuel de dépistage clinique très limité, les eaux usées constituent un moyen rapide et rentable de continuer à surveiller les variantes de coronavirus circulant dans la communauté.
Dans d’autres études, les chercheurs ont constaté que les eaux usées étaient un « indicateur avancé » des vagues de pandémie, ce qui signifie que les concentrations de coronavirus commencent à augmenter dans les eaux usées avant qu’un pic de cas cliniques ne soit observé. Cependant, dans notre échantillonnage des villes du Québec, nous avons constaté que les variants n’étaient généralement pas détectés dans les eaux usées avant d’être séquencés à partir d’échantillons cliniques. Par exemple, nous avons détecté le variant Omicron à Montréal le 4 décembre 2021, quelques jours après son premier séquençage à partir d’un écouvillon nasal dans la province de Québec. Cela signifie que, jusqu’à présent en tout cas, les tests cliniques au Québec ont fait un excellent travail en détectant les variants en temps opportun. Mais à mesure que la capacité de dépistage clinique diminue, les eaux usées constituent un moyen rentable d’assurer le suivi des variants.