La recherche du réseau CoVaRR-Net fait progresser l’analyse des eaux usées et des surfaces dans les avions comme détection précoce pour les nouveaux variants du SRAS-CoV-2 et autres menaces de maladies

Les aéroports du monde entier deviennent rapidement des sentinelles pour surveiller l’entrée et la propagation de nouveaux variants du SRAS-CoV-2. On teste les eaux usées dans les avions et il se peut qu’on prélève également bientôt des écouvillons des sols et des surfaces dans les aéroports et les avions. Le Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées (GRSEU) du réseau CoVaRR-Net joue un rôle majeur dans l’amélioration de ce type de surveillance au Canada et dans le monde. Son modèle de Base de données sur la surveillance de la santé publique et de l’environnement (Public Health and Environmental Surveillance Database [PHESD]), qui normalise la façon dont les données sur les eaux usées sont recueillies, rapportées et stockées, a été adopté par 27 pays et est recommandé par l’Union européenne. En attendant, ses recherches sur les tests de surfaces dans les aéroports et les avions représentent un nouveau concept qui pourrait devenir le moyen de freiner la propagation d’agents pathogènes sur la planète à l’avenir.

« L’identification précoce de nouveaux variants représente un défi. L’échantillonnage des eaux usées dans les avions et les aérogares est une nouvelle méthode pour y parvenir et combler d’importantes lacunes en matière de surveillance », déclare le D^r Doug Manuel, directeur du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du réseau CoVaRR-Net, adjoint du pilier Santé publique, systèmes de santé et impacts des politiques sociales du réseau CoVaRR-Net, et professeur émérite à l’Université d’Ottawa.

« Les tests de surfaces dans les aéroports et les avions pourraient servir de complément aux tests sur les eaux usées en identifiant l’origine des nouveaux variants du SRAS-CoV-2 ou d’autres agents pathogènes de manière plus granulaire. Il serait possible d’effectuer des prélèvements sur les sols de certains vols internationaux et de localiser des zones précises dans un avion afin d’aider à identifier et à comprendre quels groupes de passagers de quels pays sont porteurs d’un variant nouveau ou émergent, et de suivre les niveaux de variants spécifiques» , explique le D^r Lucas Castellani, collaborateur du projet Coronavirus dans l’environnement bâti urbain (Coronavirus in the Built Environment (CUBE) du réseau CoVaRR-Net, directeur médical de la prévention et du contrôle des infections et directeur médical de l’Hôpital de Sault-Sainte-Marie, et professeur adjoint à l’École de médecine du nord de l’Ontario.

Le modèle de données ouvert facilite un système mondial d’alerte précoce

« La pandémie a montré la valeur du partage des données dans le monde entier. Il serait extrêmement utile d’anticiper les nouvelles menaces de maladies infectieuses et de réagir rapidement si vous disposiez d’un réseau d’aéroports dans le monde entier testant les eaux usées des avions et partageant les données en temps réel avec les gouvernements et les responsables de la santé publique de nombreux pays différents », explique le D^r Manuel. « Si vous détectez un signal cohérent pour un nouveau variant du SRAS-CoV-2 ou un autre pathogène dangereux dans plusieurs pays et que le signal devient plus fort, cela pourrait être un système d’alerte précoce très utile pour le monde. »

C’est là qu’intervient le modèle de données ouvert de surveillance de la santé publique et de l’environnement (PHES-ODM) du réseau CoVaRR-Net. Élaboré avec des collaborateurs de science ouverte du monde entier, avec le financement du réseau CoVaRR-Net et de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), il soutient et facilite la mise sur pied d’un réseau mondial de surveillance des eaux usées. Il standardise la manière dont les données sur les eaux usées sont prélevées, organisées, rapportées et stockées au niveau mondial. Cet outil peut être utilisé non seulement dans les aéroports et les avions, mais en fait partout. Il n’est pas seulement utile pour suivre les variants du SRAS-CoV-2, mais aussi pour toute menace de maladie émergente.

Pas plus tard que le mois dernier, l’Union européenne a recommandé une utilisation internationale à grande échelle du modèle PHES-ODM v2, qui élargit la version originale pour inclure des tests de surfaces et de l’air en plus des eaux usées. L’UE a été un partenaire précieux dans la contribution et l’élaboration du modèle PHES-ODM et a récemment publié ses modèles pour soutenir et promouvoir la déclaration et le partage à l’échelle internationale de données d’échantillonnage des eaux usées provenant d’avions et d’aéroports », déclare le D^r Manuel.

Une surveillance en temps réel pour aider à prévenir la prochaine pandémie

L’un des principaux avantages de l’analyse des eaux usées dans les avions – qui est non intrusive et plus informative que l’analyse de voyageurs pris au hasard – est qu’elle peut détecter des signaux et surveiller les niveaux d’agents pathogènes nouveaux ou émergents des jours ou des semaines avant que les personnes ne développent des symptômes et que les cas ne soient confirmés.

« Quand on sait à quelle vitesse la contagion se propage, le fait de disposer de quelques jours ou semaines supplémentaires pour se préparer peut s’avérer crucial pour aider les chercheurs et les autorités de santé publique aux niveaux international, national, provincial et local. Ils peuvent alors alerter rapidement les populations à risque et prendre des mesures de précaution pour réduire la propagation d’un pathogène nouveau ou émergent, et potentiellement prévenir la prochaine pandémie », explique le D^r Manuel.

Orientations futures : tests de surfaces dans les avions

Le dépistage du SRAS-CoV-2 et d’autres agents pathogènes sur les sols dans les aéroports et les avions est une nouvelle méthode de surveillance prometteuse qui pourrait compléter l’échantillonnage des eaux usées en fournissant des informations plus spécifiques et plus détaillées sur les modèles de transmission virale transfrontalière.

« Avec les tests de surfaces dans les avions et les aéroports, vous pouvez également obtenir des informations sur les passagers porteurs du virus qui ne sont pas recueillies dans les eaux usées, car tout le monde ne va pas aux toilettes dans les avions ou les aéroports », explique le D^r Castellani. Les nouveaux agents pathogènes sont généralement présents chez un nombre réduit de personnes, de sorte que l’écouvillonnage des sols dans les avions pourrait augmenter les chances de détecter plus tôt un nouvel agent pathogène. »

Le D^r Castellani dirige un projet pilote CUBE à l’aéroport de Sault-Sainte-Marie ce mois-ci pour démontrer la faisabilité de l’échantillonnage des sols pour le SRAS-CoV-2 et l’identification de variants spécifiques dans les aéroports. « Nous allons prélever des échantillons de sols dans les zones de pré-départ, de départ et d’arrivée des vols internationaux. Une fois que nous aurons fait la preuve du concept, les prochaines étapes logiques consisteront à tester l’échantillonnage des sols dans un aéroport plus grand et dans des avions », explique-t-il.

L’équipe de recherche CUBE a découvert et démontré précédemment que l’échantillonnage des sols dans les hôpitaux, les établissements de soins de longue durée et d’autres bâtiments est un nouvel outil efficace pour détecter et suivre le SRAS-CoV-2 (et d’autres virus respiratoires tels que la grippe et le VRS), et pour prévoir les éclosions. L’échantillonnage des sols fonctionne parce que lorsqu’une personne infectée par un virus respiratoire respire, parle, tousse ou éternue, le virus finit par tomber et se déposer sur le sol, et les échantillons prélevés sur le sol peuvent détecter si le virus est présent dans une pièce ou un bâtiment, et en quelle quantité.

Avoir une longueur d’avance sur la prochaine menace de maladie infectieuse

La transmission de nouveaux variants du SRAS-CoV-2 et d’autres nouveaux agents pathogènes d’un lieu géographique à l’autre se fait très probablement par voie aérienne. « La méthode actuelle de détection des variants préoccupants est tellement en retard qu’à moins d’adopter une approche en temps réel, on finira par identifier les nouveaux variants, tels que XBB1.5, trop tard pour empêcher la propagation mondiale de variants préoccupants. En utilisant à la fois les eaux usées et l’échantillonnage de sols dans les aéroports et les avions pour la surveillance, vous serez en mesure de détecter les signaux de nouveaux variants ou d’autres nouveaux pathogènes dangereux beaucoup plus tôt, d’alerter les autorités de santé publique et de prendre des précautions pour empêcher la propagation » , explique le D^r Castellani.

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