Au cours de l’été et de l’automne 2021, des scientifiques du réseau CoVaRR-Net, qui font partie du Réseau canadien de génomique COVID (RCanGéCO), se sont associés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) et au Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC) pour étudier le variant Delta et ses différents sous-variants, qui sont devenus collectivement dominants dans le monde. Cette surveillance active des séquences virales a permis de découvrir que deux sous-variants Delta circulaient au Canada, en particulier dans les provinces de l’Ouest.
Le premier sous-variant, AY.25, était surtout présent aux États-Unis. Cependant, il s’est également répandu rapidement au Canada. La composition mutationnelle des séquences AY.25 canadiennes suggère que sa prévalence accrue au Canada est probablement due à une transmission nationale et non à des réintroductions répétées de sources internationales.
Le deuxième sous-variant d’intérêt était le AY.27, qui était presque exclusivement canadien. Les chercheurs de l’étude ont observé qu’une nouvelle mutation d’intérêt, S:Q613H, était apparue très tôt en Alberta. Il s’est avéré que cette mutation s’était largement répandue au Canada, de sorte que 75 % des séquences de l’époque la contenaient. S:Q613H a été signalée comme méritant une étude plus approfondie, car elle était située dans une partie de la protéine du spicule qui pourrait augmenter la transmissibilité.
Les résultats de ces travaux ont été publiés sous la forme d’un rapport sur un site Web international de virologie où les scientifiques qui suivent l’évolution des coronavirus communiquent et se font part mutuellement de leurs dernières découvertes. Ce rapport élaboré par les chercheurs du réseau CoVaRR-Net pour mesurer l’avantage de croissance des variants a été partagé avec la communauté internationale, offrant de nouvelles méthodes d’analyse.
Carmen Lia Murall, Raphael Poujol, Aaron Petkau, Benjamin Sobkowiak, Adrian Zetner, Susanne A. Kraemer, Arnaud N’Guessan, Sana Naderi, Erin E. Gill, Jorg Fritz, Fiona S.L. Brinkman, Julie Hussin, Natalie Prystajecky, Tarah Lynch, Matthew A. Croxen, Ryan McDonald, Keith MacKenzie, Caroline Colijn, Gary Van Domselaar, Sarah P. Otto, B. Jesse Shapiro, and The Canadian COVID-19 Genomics Network (CanCOGeN) Virus Sequencing Consortium 28. Monitoring the evolution and spread of Delta sublineages AY.25 and AY.27 in Canada. Virological.org, publié en novembre 2021. https://virological.org/t/monitoring-the-evolution-and-spread-of-delta-sublineages-ay-25-and-ay-27-in-canada/767