CoVaRR-Net estime que la surveillance des eaux usées est prometteuse

La surveillance des eaux usées permet de détecter les infections à leur stade le plus précoce

De nombreuses personnes sont contagieuses avant de présenter des symptômes. Les personnes infectées par le SRAS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19, excrètent le virus dans leurs selles. En mesurant les niveaux de virus dans le matériel génétique des eaux usées, les responsables de la santé publique peuvent évaluer les tendances et les variations de l’infection locale par le SRAS-CoV-2 sans avoir à tester physiquement les individus.

En raison de la quantité limitée de tests PCR, les données sur la propagation du SRAS-CoV-2 deviennent également limitées. Or, la surveillance des eaux usées offre la possibilité de fournir un instantané fiable des taux de COVID-19 partout où elle est surveillée.

« Elle vous donne une estimation basée sur la population de ce qui se passe dans votre communauté », explique Doug Manuel, directeur du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net. « Le réseau d’égouts est comme une fenêtre sur la santé de la communauté ».

CoVaRR-Net aide à adopter la pratique à l’échelle nationale

Le Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net réunit des chercheurs canadiens spécialisés dans les eaux usées et l’environnement, provenant d’universités canadiennes et du Laboratoire national de microbiologie. Le réseau CoVaRR-NeT fait partie d’une communauté d’environ 200 chercheurs et membres du personnel de la santé publique dans plus de 250 sites d’analyse, y compris dans le Nord canadien où les eaux usées sont devenues un outil de surveillance essentiel et un. Des chercheurs du réseau CoVaRR-Net ont également créé un modèle de données pour la surveillance des eaux usées et de la santé publique qui est utilisé au Canada et dans plus de 27 pays dans le monde.

Le D^r Manuel voit des données prometteuses émerger des sites actifs au Canada et il a observé que la surveillance des eaux usées a confirmé les faibles taux d’infection actuels. « On peut voir dans ces données publiées que la prévalence du virus diminue. »

La surveillance des eaux usées est économique

Des études ont montré que la surveillance des eaux usées ne représente qu’une petite fraction du coût des tests PCR individuels. C’est une bonne nouvelle ici au Canada, ainsi qu’aux États-Unis et en Europe, mais cela peut aussi fournir des données virales indispensables aux pays moins nantis en ressources pour qui les coûts des tests individuels sont prohibitifs.

« En comblant d’importantes lacunes dans l’éventail d’outils de surveillance, les analyses des eaux usées permettent une détection large, durable, précoce et équitable de la propagation de la COVID-19 », peut-on lire dans un récent rapport de la Banque mondiale, rédigé notamment par D^r Manuel.

La surveillance des eaux usées est tout aussi efficace pour identifier les variants du SRAS-CoV-2

La surveillance des eaux usées et les tests PCR sont tout aussi efficaces pour détecter les variants du SRAS-CoV-2, selon une prépublication financée par le réseau CoVaRR-Net qui a examiné un vaste échantillonnage à Montréal, à Québec et à Laval.  L’étude a recueilli des échantillons d’eaux usées entre mars 2020 et juillet 2021 et a détecté des variants comparables à ceux des échantillons cliniques – même les dates des éclosions correspondaient. L’étude a également montré qu’il était possible de détecter des variants émergents.

Le P^r Jiannis Ragoussis, l’un des principaux auteurs de l’article, membre du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du réseau CoVaRR-Net et responsable du pilier Génomique et séquençage viraux du CoVaRR-Net, explique qu’un tel système d’alerte précoce aide les autorités sanitaires à prévenir les communautés touchées, leur permettant ainsi de prendre des mesures pour réduire la propagation du virus. « Disposer de deux ou trois jours supplémentaires pour se préparer peut être déterminant », précise-t-il. Le P^r Ragoussis travaille rédige actuellement, en collaboration avec les membres CentrEau Dominic Frigon et Jesse Shapiro, un article qui décrit en détail une étude de surveillance des eaux usées dans laquelle Omicron a été détecté dans le quartier de Montréal-Nord avant qu’une personne ne soit cliniquement identifiée comme positive à Omicron.

La surveillance des eaux usées permet également de détecter des substances toxiques et des agents pathogènes, et s’avère utile pour les futures pandémies

Le P^r Peter Vanrolleghem, un autre membre du Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du réseau CoVaRR-Net et titulaire de la Chaire de recherche du Canada sur la modélisation de la qualité de l’eau, considère la surveillance des eaux usées comme un outil qui va au-delà de la détection de la COVID-19 et de ses variants. « Nous pouvons détecter des micropolluants et des agents pathogènes, comme des produits pharmaceutiques, des drogues illicites ou la résistance aux antimicrobiens dans une communauté. Une infrastructure de surveillance des eaux usées à l’échelle du Canada ne sera pas seulement utile dans le cadre de la pandémie actuelle, mais elle pourra également contribuer à protéger nos communautés contre de futures pandémies et autres menaces pour notre santé. »

Le potentiel de ce type de rapport est important

La P^re Amy Hsu, directrice de la plateforme de données du réseau CoVaRR-Net, imagine le potentiel de l’augmentation du nombre de sites au Canada et du partage d’un plus grand nombre de données de surveillance des eaux usées d’un océan à l’autre. « L’infrastructure de données permettant de surveiller les cas actifs de SRAS-CoV-2 – en uniformisant la façon dont les laboratoires du pays et du monde entier recueillent, organisent et communiquent les données – a des retombées qui vont au-delà de cette pandémie. Il s’agirait d’un grand pas en avant, qui ferait de la surveillance des eaux usées un élément de la santé publique mondiale. » La P^re Hsu et son équipe de la plateforme de données du réseau CoVaRR-Net travaillent à la mise sur pied d’une base de données coordonnée et simplifiée, afin que les communautés qui utilisent la surveillance des eaux usées puissent facilement partager leurs données.

Le D^r Manuel est d’accord pour dire que la surveillance des eaux usées devrait faire partie de la santé publique mondiale – le Canada ne faisant pas exception – et considère que le travail de base est urgent. « Nous avons besoin d’une infrastructure à l’échelle du pays, nous avons besoin qu’elle soit entre les mains de la santé publique et nous avons besoin qu’elle soit accessible au public pour que nous puissions l’interpréter. » Son Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées au sein du réseau CoVaRR-Net s’efforce d’atteindre ces objectifs.

En savoir plus sur le Groupe de recherche sur la surveillance des eaux usées du CoVaRR-Net

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